例子？如何在lmer中指定theta和beta的起始值？

Question

我对R比较新，仍然难以理解一些文档。我正在使用glmer分析，我的目标是为theta（截距）和beta（固定效应）指定起始值。

请问能否提供一个关于一个beta或多个beta的代码示例？

我查看了glmer文档，其中写道“start
一个以参数名称为键、以起始值为值的命名列表，或者是一个数值向量。如果start是数值类型，则会将其用作theta的起始值。如果start是一个列表，则会将其中的theta元素（一个数值向量）用于第一次优化步骤的起始值（默认值为对角线元素的1，下三角矩阵元素的0）；第一步优化后的theta拟合值再加上start [['fixef']]，则成为第二次优化步骤的起始值。如果start有fixef和theta元素，则跳过第一次优化步骤。要了解更多细节或实现更精细的优化控制，请参见模块化。”

我已经成功指定了theta的起始值，但我不知道如何同时指定theta和beta（或多个beta）的起始值。

Glucose1 <- glmer(GlucoseYN ~ 1 + (1|Subject), data=LongFormat, family = "binomial", glmerControl(optimizer = "bobyqa", optCtrl = list(maxfun = 10000000)))

getME(Glucose1, c("theta","beta"))
# theta = 3.276187, beta = -0.3515557

Glucose1b <- glmer(GlucoseYN ~ 1 + (1|Subject), data=LongFormat, family = "binomial", start = 3.276187, glmerControl(optimizer = "bobyqa", optCtrl = list(maxfun = 10000000)))

- Stephanie Merritt

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这个问题与此问题密切相关。只是放在这里供参考。 - Gregor Thomas

Answer 1

这是一个使用 glmer 的示例，增加了 start 参数，因为您似乎希望使用它：

library(lme4)

glmer(
  cbind(incidence, size - incidence) ~ period + (1 | herd),
  data = cbpp,
  family = binomial,
  start = list(theta = 0.6, fixef = c(-1.4, -1, -1.1, -1.6))
)

那么在您的情况下：

Glucose1b <-
  glmer(
    GlucoseYN ~ 1 + (1 | Subject),
    data = LongFormat,
    family = "binomial",
    control = glmerControl(optimizer = "bobyqa", optCtrl = list(maxfun = 10000000)), 
    start = list(theta = 3.276187, fixef = -0.3515557)
  )

- the-mad-statter

Answer 2

我从未使用过glmer，但在非线性回归中，代码是：

Richards = nls(Hd ~ a/(1+b*exp(-c*Id)), data = Capacidade_Prod, start = list(a = 20, b = 4, c = 0.01))

- Deleon Rodrigues da Silva Sous