如何在R中运行lmer的诊断图？

Question

我想在一个lmer模型上运行诊断绘图，但总是遇到困难。我不确定需要提供多少信息，但让我们来看看：

这个模型很简单：

best <- lmer(MSV_mm ~ Size_treat + (1|Rep) + (1|Patch) + (1|Trap), data= early_nopine). 

MSV_mm是数值型数据（口鼻到肛门长度），而Size_treat是一个因子，有4个水平：连续、大、中、小。 Rep、Patch和Trap为随机效应。

当我运行plot(best)时，会出现以下错误消息：

"Error in as.double(y) : 
  cannot coerce type 'S4' to vector of type 'double'"

我猜这与lmer函数有关。我在网上搜索了很多，但仍未找到解决此问题的答案。这是lmer的问题吗？

- Kika Tarsi

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我认为你假定既然可以在lm对象上运行plot，那么也可以在lmer对象上运行。请注意，虽然有plot.lm函数，但没有plot.lmer函数。 - Señor O

@joran 当我加载lme4时，我没有plot.merMod。此外，在我的机器上，lmer模型进入plot.default。 - Señor O

@joran 我想象那就是楼主的问题 - 我也遇到了同样的错误（这个错误来自xy.coords）。 - Señor O

可能是平台特定的问题。我使用的是OS X，截至lmer 1.0-4版本，我没有plot.merMod。 - John

好的，我需要一个可重现的例子。使用CRAN上的lme4 1.0-4的最新安装版本，以下代码可以正常运行：library(lme4); fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy); plot(fm1)。虽然plot.merMod没有被导出，但您可以通过lme4:::plot.merMod来查看它。缩写sessionInfo()：r-devel r63889，32位linux，lme4_1.0-4；Matrix_1.0-14；lattice_0.20-23；compiler_3.1.0；grid_3.1.0；MASS_7.3-29；minqa_1.2.1；nlme_3.1-111；splines_3.1.0；tools_3.1.0。 - Ben Bolker

Answer 1

我可以用等同于CRAN早期版本（1.0.0之前）的lme4重现此错误。如果您使用最新的来自CRAN的lme4（截至2013年10月，版本为1.0-4），则应该会出现以下情况：

library(lme4)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy)
plot(fm1)

虽然 plot.merMod 没有被导出，但它已经被记录下来了 (?plot.merMod)，您可以通过 lme4:::plot.merMod (或 getAnywhere("plot.merMod")) 来查看它。

如果您想要使用早期版本的 lme4 重现此绘图，则可以执行以下操作：

augData <- data.frame(sleepstudy,fitted=fitted(fm1),resid=residuals(fm1))
library(lattice)
xyplot(fitted~resid,data=augData)

你需要考虑是否想要偏差残差（默认来自residuals()）或皮尔逊残差（plot.merMod的默认值）。

- Ben Bolker