使用ggplot2制作一个具有分类轴的散点图。

Question

我有一个类似于以下结构的数据集：

region    expression    species/gene
reg1      4             humanA
reg1      5             humanB
reg1      4             ratA
reg1      6             ratB
reg2      3             humanA
reg2      5             humanB
reg2      8             ratA
reg2      2             ratB

我想在x轴上绘制区域1-n，并在y轴上绘制表达值，按物种/基因的值进行彩色编码。我还想通过每个物种/基因组中的趋势线，并在边缘显示r值。理想情况下，我会使用以下格式的东西。

ggplot(data, aes(x=xvar, y=yvar)) +
geom_point(shape=1) +    
geom_smooth(method=lm) +
geom_point(shape=19, alpha=1/4) 

但是我太菜了，不知道如何将这个与我的数据编织在一起。先感谢您！

- soosus

Answer 1

例如，可以尝试这样做：

library(ggplot2)
ggplot(dat,aes(x=region,y=expression,
   group=species.gene,color=species.gene)) + 
  geom_line() 

- agstudy