R-Heatmap.2 禁用列树状图后，去除标题和实际热图之间留下的巨大空白空间

Question

我正在使用heatmap.2()绘制一个759*12的双精度矩阵twoway.expr.005

library(gplots)
dist2 <- function(x, ...){as.dist(1-cor(t(x), method="pearson"))}
heatmap.2(x=twoway.expr.005,col=bluered(75), main="Heatmap:759 genes\nTwosided Pval<0.05",tracecol= NULL, cexCol=0.8,cexRow=0.5,labCol=labs,distfun=dist2,scale="row",key=F,dendrogram='row',Colv=F)

但是因为我设置了dendrogram='row'（关闭了列树状图）和key=F，当我尝试将热力图保存为PDF文件时，我的热力图在标题和实际绘图之间留下了巨大的空白。

我尝试按建议设置lhei。我已经使用了lhei=c(1,4)，但仍然在标题和绘图之间显示了很多空间：

heatmap.2(x=twoway.expr.005,col=bluered(75), main="Heatmap:759 genes\nTwosided Pval<0.05",tracecol= NULL, cexCol=0.8,cexRow=0.5,labCol=labs,distfun=dist2,scale="row",key=F,dendrogram='row',Colv=F,lhei=c(1,4))

将lhei=c(1,5)设置会完全忽略标题：

heatmap.2(x=twoway.expr.005,col=bluered(75), main="Heatmap:759 genes\nTwosided Pval<0.05",tracecol= NULL, cexCol=0.8,cexRow=0.5,labCol=labs,distfun=dist2,scale="row",key=F,dendrogram='row',Colv=F,lhei=c(1,5))

我认为Heatmap.2是以这样一种方式设计的，即标题总是放置在列树状图上方。因此，如果禁用列树状图，则会留下空白空间，但标题位置仍在“禁用”列树状图上方。有没有办法修改代码，使标题不放置在列树状图上方（这可能是解决此问题的方法）？还有什么其他方法可以消除标题和实际绘图之间的空间？

- Komal Rathi

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解决这个问题有什么进展吗？我遇到了同样的问题，hlei和其他部分会截断标题或者报错说"图像区域太小"。 - Anton Tarasenko

不行，我没能解决它。我已经多次阅读了heatmap.2手册，但没有找到任何与这个问题相关的内容。我猜这是一个需要修复的bug。 - Komal Rathi

Answer 1

heatmap.2中的lhei参数可以用来解决这个问题。它需要一个长度为2的向量，表示绘图布局中行的相对高度。

heatmap.2使用layout函数将绘图区域分成四个块。基本上，您需要控制第一个块相对于第二个块的高度。为此，将lhei设置为类似于c（1，10）的值。这将使底部行（即热图所在的行）比通常具有行的树状图和颜色键的顶部行高10倍。 layout的文档提供了更多详细信息。

- Christopher Louden

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老实说，在这里设置“lhei”并不起作用。 我尝试设置了“lhei（1，n）”，其中n从1到10变化。 当n <4时，标题和实际图之间会留下很多空间，而当n> 4时，它会完全忽略标题以及X轴标签。 简而言之，我再也看不到X轴标签和标题了。 - Komal Rathi

Answer 2

你可以使用标题代替在heatmap.2内部设置主标题。 title("你的标题", line= -2)。

你可以通过改变line的值来调整距离。 没有帮助左右居中，如果没有两个树状图仍然偏离，但是你会更接近。

- ClockworkViridi