在Rmd文件中出现"long vectors not supported yet"错误，但在R脚本中没有。

Question

我正在使用 R 3.1 和 RStudio 0.99 操作矩阵。

我有我的 R Script，使用 cmd+enter 没有问题。

我创建了一个用于报告的 Rmd，但是出现了这个错误。

Error in lazyLoadDBinsertVariable(vars[i], from, datafile, ascii, compress,  : 
  long vectors not supported yet: ../../../../R-3.3.1/src/main/connections.c:5600
Calls: <Anonymous> ... <Anonymous> -> <Anonymous> -> lazyLoadDBinsertVariable
Execution halted

有没有绕过这个错误的方法？

这似乎是R中的大矩阵：长向量尚不支持重复，

但不同的是，只有在尝试创建Rmd时才会发生这种情况。

- pachadotdev

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你正在处理多少个观测值？ - Chirayu Chamoli

可能是在R中的大矩阵：长向量尚未支持的重复问题。 - Martin Schmelzer

它是一个28630x50247的矩阵，但错误只在Rmd中出现。 - pachadotdev

请看这个链接：https://github.com/yihui/knitr/issues/572。 - Martin Schmelzer

Answer 1

我今天也遇到了这个问题，通过在我的.Rmd文件中的设置块中使用cache.lazy = FALSE来解决它。

因此，我R Markdown文件中第一个块的内容如下：

library(knitr)
knitr::opts_chunk$set(cache = TRUE, warning = FALSE, 
                      message = FALSE, cache.lazy = FALSE)

- Julia Silge

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这是正确的答案。我只想补充一下，出于某种原因，我不得不从options而不是opts_chunk$set中访问它。所以我有options(cache = TRUE, warning = FALSE, message = FALSE, cache.lazy = FALSE)。如果这有任何区别，我使用的是RStudio 3.2.2。 - Nicholas Hassan

如果您正在缓存一个非常大的 R 对象，那么这可能会出现问题。这就是我的问题所在。 - Bastien

在R 3.5.1上，使用knitr::opts_chunk$set的原始答案对我有效。 - Carmen Sandoval

为了获取更多背景信息，请阅读 https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/cache-lazy.html。为了实现懒惰缓存，R Markdown提供了一个knitr选项，称为cache。启用此选项后，代码块的输出将被缓存，并在下一次重新运行相同代码块时重用，而无需再次执行代码块。这可以显著减少文档编译时间。但是，在某些情况下可能需要手动清除缓存。 - MartineJ

Answer 2

当我尝试把.rmd文件转换为PDF格式时，出现了相同的错误提示。

有没有什么办法可以绕过这个错误？

删除 'cache = TRUE' 或将其设置为 FALSE 似乎可以解决这个问题。

- D-Lorenz

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这并没有回答问题。一旦您拥有足够的声望，您将能够评论任何帖子；相反，提供不需要询问者澄清的答案。- 来自审核 - etienne

嗨。我之前没有缓存。现在我已经缓存了，但是无论是否缓存都会出现这个问题。已经有一个可能的解决方案被评论了。 - pachadotdev

感谢@etienne的澄清。我不明白为什么我的回答会受到负评，因为我提供的解决方案确实解决了我的脚本问题。 - D-Lorenz