如何在RMarkdown中隐藏代码，并提供查看选项

Question

我正在撰写一个RMarkdown 文档，我希望重新运行一些代码块（5到9）。 这些代码块无需再次显示，因此我考虑使用

标签来结束它们。

```{r echo=FALSE}

如另一个stackoverflow问题所述，使重新运行的代码块不可见是可以实现的。这样做很好，并输出所需结果（改进第二次迭代的拟合 - 在这里实现）。

然而，在理想情况下，代码应该是可展开的，以便用户可以在教育和清晰度方面看到发生了什么（例如，参见Greasemonkey解决方案的链接here），而不像我的第二个rpubs示例中隐藏起来。解决方案可能看起来像这样，但是周围的框要更短，避免分心：

for (i in 1:nrow(all.msim)){ # Loop creating aggregate values (to be repeated later)
  USd.agg[i,]   <- colSums(USd.cat * weights0[,i])
}

for (j in 1:nrow(all.msim)){
weights1[which(USd$age <= 30),j] <- all.msim[j,1] /USd.agg[j,1] 
weights1[which(USd$age >= 31 & USd$age <= 50),j] <- all.msim[j,2] /USd.agg[j,2] 
weights1[which(USd$age >= 51),j] <- all.msim[j,3] /USd.agg[j,3] ## 
}
# Aggregate the results for each zone
for (i in 1:nrow(all.msim)){
  USd.agg1[i,]   <- colSums(USd.cat * weights0[,i] * weights1[,i])
}
# Test results 
for (j in 1:nrow(all.msim)){
weights2[which(USd$sex == "m"),j] <- all.msim[j,4] /USd.agg1[j,4]  
weights2[which(USd$sex == "f"),j] <- all.msim[j,5] /USd.agg1[j,5] 
}

for (i in 1:nrow(all.msim)){
USd.agg2[i,]   <- colSums(USd.cat * weights0[,i] * weights1[,i] * weights2[,i])
}

for (j in 1:nrow(all.msim)){
weights3[which(USd$mode == "bicycle"),j] <- all.msim[j,6] /USd.agg2[j,6]  
weights3[which(USd$mode == "bus"),j] <- all.msim[j,7] /USd.agg2[j,7] 
weights3[which(USd$mode == "car.d"),j] <- all.msim[j,8] /USd.agg2[j,8]  
weights3[which(USd$mode == "car.p"),j] <- all.msim[j,9] /USd.agg2[j,9]
weights3[which(USd$mode == "walk"),j] <- all.msim[j,10] /USd.agg2[j,10]
}
weights4 <- weights0 * weights1 * weights2 * weights3
for (i in 1:nrow(all.msim)){
USd.agg3[i,]   <- colSums(USd.cat * weights4[,i])
}
# Test results 
plot(as.vector(as.matrix(all.msim)), as.vector(as.matrix(USd.agg3)),
     xlab = "Constraints", ylab = "Model output")
abline(a=0, b=1)
cor(as.vector(as.matrix(all.msim)), as.vector(as.matrix(USd.agg3)))
#rowSums(USd.agg3[,1:3]) # The total population modelled for each zone, constraint 1
#rowSums(USd.agg3[,4:5])
#rowSums(USd.agg3[,6:10])

我对echo=F的解决方案感到满意，但是如果有可扩展的代码片段，我将更加满意。

编辑：除了第一个以外，所有的RPubs示例现在都已被删除，以避免将本质上相同的文档堵塞到他们出色的出版系统中。

- RobinLovelace

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假设你要输出到HTML，你可以使用JavaScript。学习流行的工具集jQuery会很有帮助。这里有一个例子：http://www.w3schools.com/jquery/jquery_hide_show.asp - Brandon Bertelsen

那就这样吧 - 学起来肯定很值得。唯一的缺点是需要深入研究庞大（600行）的HTML文件：http://pastebin.com/WsLt1Hjx。考虑到RMarkdown的目的是将代码减少到最少，希望能在RMarkdown内部找到解决方案。在这种情况下的另一个问题是rpubs似乎不允许直接编辑Rmd文件输出的HTML。 - RobinLovelace

Answer 1

有了 rmarkdown 包，这个过程变得更加简单了。而三年前这个包并不存在。基本上你只需要开启代码折叠功能：https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/html-document.html#code-folding。你不再需要编写任何JavaScript代码。

例如：

---
title: "Habits"
output:
  html_document:
    code_folding: hide
---

另外请参阅https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/fold-show.html，以获取更多关于哪些代码块可以折叠或展开的控制方法。

- Yihui Xie

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尽管在最初的问答发布时这项技术还不可用，但现在它已经明显成为了最佳答案。谢谢，Yihui！ - Nathan

从哪里可以获取2.0版本？install.packages("rmarkdown")只会安装1.4版本。有任何想法吗？ - Asymptote

这对于 Slidy 或 ioslides 输出格式也适用吗？ - igorkf

@igorkf 不，它不会。 - Yihui Xie

@YihuiXie，你认为这个好吗？ - igorkf

Answer 2

如果在代码之前添加一个HTML标记，您可以使用CSS选择器对输出的部分进行巧妙处理- markdown会方便地将HTML传递：

<style>
div.hidecode + pre {display: none}
</style>

<div class="hidecode"></div>
```{r}
summary(cars)
```

这里的CSS样式规则匹配了第一个<div class=hidecode>后面的第一个<pre>标签，并将其设置为不可见。Markdown使用两个<pre>标签来写R块 - 一个用于R代码，一个用于输出结果，而这个CSS捕获了第一个标签。

现在你知道如何在CSS中匹配代码和输出块后，就可以在Javascript中对它们做各种聪明的事情。你可以在<div class=hidecode>标签中加入一些内容，并添加一个点击事件来切换其可见性：

<style>
div.hidecode + pre {display: none}
</style>
<script>
doclick=function(e){
e.nextSibling.nextSibling.style.display="block";
}
</script>

<div class="hidecode" onclick="doclick(this);">[Show Code]</div>
```{r}
summary(cars)
```

接下来更为复杂的一步是将操作切换，但那样做还不如使用 jQuery 并获得真正的奇妙体验。或者使用这种简单方法。让我们用一个按钮来实现，但你还需要一个 div 来获取 R 命令 PRE 区块的钩子，遍历会变得有点复杂：

<style>
div.hideme + pre {display: none}
</style>
<script>
doclick=function(e){
code = e.parentNode.nextSibling.nextSibling.nextSibling.nextSibling
if(code.style.display=="block"){
 code.style.display='none';
 e.textContent="Show Code"
}else{
 code.style.display="block";
 e.textContent="Hide Code"
}
}
</script>

<button class="hidecode" onclick="doclick(this);">Show Code</button>
<div class="hideme"></div>
```{r}
summary(cars)
```

（注意：我认为您可以在<div>标签中包装R代码块：

）

<div class="dosomething">
```{r}
summary(cars) 
``` 
</div>

但是它失败了 - 有人知道为什么吗？

- Spacedman

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你需要找出CSS选择器，以便从按钮到达包含代码的块。在我的示例中，R代码位于DIV后面的PRE块中，因此我在CSS中使用+号和一些nextSibling调用。安装Firebug，学习一些JS和CSS。实际上，我没有考虑使用BUTTON标签... - Spacedman

请注意，当您有多个带有自己输出块的R行时，我的选择器会失败。如果您在一个块中输出多个内容，它只会隐藏第一个。正在解决中... - Spacedman

这在我的示例中并不是什么大问题：只需注释掉具有输出的命令即可。在R中，您也可以抑制输出。因此，我解决了基本的切换问题，这太棒了：http://rpubs.com/RobinLovelace/3385。最后一个问题非常简单-将默认切换状态设置为隐藏。当然，有一个单个参数可以实现这一点，但无法在谷歌搜索的干草堆中找到它！https://www.google.co.uk/search?q=.toggle+default+hidden - RobinLovelace

这非常依赖于 markdown 转 HTML 过程中的确切输出，可能会因您使用的包版本而有所不同。没有看到您的输出很难确定。 - Spacedman

如果您感兴趣，可以获取原始的Markdown (.md)文件 https://www.dropbox.com/s/rvum7l4viry69zq/microsimulation-eg-new-toggle.md 和HTML https://www.dropbox.com/s/e3kl85linsbee2d/microsimulation-eg-new-toggle.html 文件！ - RobinLovelace