随机效应的点图

Question

我有一个广义混合效应模型，如下所示：

d <- data.frame(
    g = sample(c("A","B","C","D","E"), 250, replace=TRUE),
    x = runif(250, max=100),
    y = sample(c(0,1), 250, replace=TRUE)
)

require(lme4)

fm <- lmer(y ~ x + (1 + x | g), data=d, family=binomial)

我想使用dotplot绘制截距的随机效应，但不绘制x的随机斜率组件。 我的问题是我似乎无法弄清如何仅访问截距分量而不是随机斜率。

例如，我想要此图的左侧：

dotplot(ranef(fm, postVar=TRUE))

使用 dotplot(ranef(fm, postVar=TRUE)$g[,2]) 并不能得到我想要的结果，尽管我认为应该可以！ 我已经查看了str（fm），但没有看到任何有助于我接近的东西。

非常感谢您的任何帮助和提示！

- smillig

Answer 1

你的原始代码已经很接近了：

你几乎完成了原始代码：

dotplot(ranef(fm, postVar=TRUE))$g[1]

每个图表都有清除比例尺的额外提示:

dotplot(ranef(fm, postVar=TRUE),
        scales = list(x =list(relation = 'free')))

- AzadA

Answer 2

你只需要更聪明地删除那个随机效果的列即可：

re <- ranef(fm,postVar = TRUE)
re$g$x <- NULL
dotplot(re)

你之前的方法没有生效是因为dotplot方法仍然期望输入看起来像一个元素列表，就像从ranef中获取的一样。所以你只需要去除那个有问题的列，但是保留结构的其他部分即可。

- joran

Answer 3

您没有查看正确对象的str()。

re <- ranef(fm, postVar = TRUE)
str(re)

这将显示一个列表，其中第一项是包含所需内容的数据框。我只需要从中删除$x$列。

re[[1]]$x <- NULL

- John

Answer 4

这应该可以让你接近想要的。我一直想为 coefplot 添加对 lme4 对象的支持，也许这会成为我的催化剂。

theRan <- ranef(fm, postVar=TRUE)
pv <- attr(theRan$g, "postVar")
se <- pv[1, 1, ]
theIntercepts <- theRan$g[, 1, drop=F]
theFrame <- cbind(theIntercepts, se)
names(theFrame)[1] <- "Intercept"
theFrame$Low <- with(theFrame, Intercept - 2 * se)
theFrame$High <- with(theFrame, Intercept + 2 * se)
theFrame$Variable <- rownames(theFrame)
ggplot(theFrame, aes(y=Intercept, x=reorder(Variable, Intercept))) + geom_linerange(aes(ymin=Low, ymax=High), colour="black") + geom_point(, colour="blue") + coord_flip() + labs(y="Intercept", x=NULL)

- Jared