两个随机效应的点图合并在同一张图里

Question

如果我使用两个随机效应创建一个简单的混合效应模型：

library(lme4)
(fm3 <- lmer(strength ~ 1 + (1 | batch) + (1 | sample), Pastes))

我可以这样访问随机效果：

ranef(fm3)
ranef(fm3)$batch
ranef(fm3)$sample

我无法将随机效应绘制在两个分开的点图中。以下代码可以绘制两个图，但我无法重新编码它以便可以单独绘制每个图：

dotplot(ranef(fm3, postVar=TRUE))

以下内容在我看来很合理，但是并不正确。

dotplot(ranef(fm3, postVar=TRUE)$batch)

感谢您提供的所有帮助，

HTML 标签已保留。

- thijs van den bergh

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你在使用哪个包？我在基础R中找不到“dotplot”函数。 - juba

抱歉，这是lattice的一部分，会随着lme4自动加载。 - thijs van den bergh

Answer 1

下面的代码可以解决问题：

print((dotplot(ranef(fm3, postVar=TRUE))$sample), position=c(0, .5, 1, 1), more=TRUE)
print((dotplot(ranef(fm3, postVar=TRUE))$batch), position=c(0, 0, 1, .5)

这源于一个认识，即只需要绘制两个随机效应中的其中一个的预测区间即可：

(dotplot(ranef(fm3, postVar=TRUE))$sample)

并且

(dotplot(ranef(fm3, postVar=TRUE))$batch)

我之前提出的方法是错误的（dotplot（ranef（fm3，postVar = TRUE）$batch）），尽管它确实会产生一些东西。 @juba：感谢您指向lattice。我发现的组合图解决方案更加简洁...

- thijs van den bergh

Answer 2

你遇到的问题是ranef()将分析结果存储为列表而非数据框。你试图像访问数据框一样访问此列表，所以它无法工作。诀窍是使用双方括号与dotplot一起访问列表。然后，你可以使用grid.arrange快速组合你的绘图（或者你可以使用@juba的解决方案）。

library(lme4)
fm3 <- lmer(strength ~ 1 + (1 | batch) + (1 | sample), Pastes)
d1 <- ranef(fm3, postVar=TRUE)
#double square bracket access the lists in d1
a <- dotplot(d1)[["batch"]]
b <- dotplot(d1)[["sample"]]
#grid.arrange combines your plots
library(gridExtra)
grid.arrange(a,b, nrow=1) 

- Geek On Acid

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谢谢！我认为我们两个的答案都提供了正确但略有不同的解决问题的方法。 - thijs van den bergh

Answer 3

dotplot 是 lattice 包的一部分，因此您必须使用 grid.layout 和 viewports 来在一个图表上显示多个绘图。

以下是一种将两个点图并排显示的方法，但由于我对 lattice 还比较新，肯定有更好、更清晰的方法来实现：

grid.newpage()
pushViewport(viewport(0.25,0.5,.5,1))
print(dotplot(rnorm(100)),newpage=FALSE)
upViewport()
pushViewport(viewport(.75,.5,.5,1))
print(dotplot(runif(100)),newpage=FALSE)

这会给出：

- juba

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此解决方案通过引入一些随机数来绘制图形，从而避免了一些问题。请参见以下解决方案。 - thijs van den bergh

@agstudy，正如我所说，我对lattice几乎完全是新手，所以感谢您指出我的近似值... - juba

这里涉及到grid包的问题...例如，接受的解决方案通过grid.extra包中的grid.layout包装器来使用它。 - agstudy