如何在R ggplot2中限制x轴后自动重新计算y轴刻度

Question

如何在R ggplot2中限制x轴后自动重新计算y轴刻度

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我正在使用ggplot2绘制大量数据帧的光谱数据。我想将图形限制在400到900 nm之间的波长范围内。我知道如何使用scale_x_continuous()或xlim()设置x轴限制。问题是，我完成后，y轴不会自动调整以读取显示的最小/最大值。我不想手动设置它，因为我的循环处理的每个数据帧都具有不同的范围。

如果我的数据帧列表为summary，则以下代码将给我一个未调整坐标轴的图形列表：

plotlist <- list()
for(i in 1:length(summary)){
  plotlist[[length(plotlist)+1]] <- ggplot(summary[[i]], aes(Wavelength, average)) +
    geom_line(aes(color=Sample)) +
    geom_linerange(aes(ymin=average-sem, ymax=average+sem, color=Sample), alpha=0.5) +
    ylab("Absorbance (AU)") + ggtitle(names(summary)[i]) +
    theme_classic()
}
plotlist[[33]]

这给我带来了：未进行轴调整的图表如果我像这样调整x轴为400-900：

plotlist <- list()
for(i in 1:length(summary)){
  plotlist[[length(plotlist)+1]] <- ggplot(summary[[i]], aes(Wavelength, average)) +
    scale_x_continuous(name="Wavelength (nm)", limits=c(400, 900), expand=c(0,0)) +
    geom_line(aes(color=Sample), na.rm=TRUE) +
    geom_linerange(aes(ymin=average-sem, ymax=average+sem, color=Sample), alpha=0.5, na.rm=TRUE) +
    ylab("Absorbance (AU)") + ggtitle(names(summary)[i]) +
    theme_classic()
}
plotlist[[33]]

然后我得到了这个图，x轴正确，但是y轴的比例对于显示的数据来说太大了： x轴正确但y轴错误的图

如何自动调整y轴到适当的最小/最大值，但仅在400-900纳米范围内的x轴上？

- beanstalker

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我已经尝试更改添加比例尺、几何对象等的顺序，但这没有任何影响。 - beanstalker

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- tbradley · Accepted Answer

这里有一个可能的解决方案。然而，由于我无法访问您的数据，我无法测试它是否有效。

在绘制图表之前，您可以定义波长范围的最大平均值，然后在 ylim 函数中调用该值。

我添加的两行是：

 y_scale <- max(summary[[i]]$average[summary[[i]]$Wavelength >= 400 & summary[[i]]$Wavelength <= 900])

并且，

ylim(0, (y_scale + 0.5))+

最终的代码如下所示：

plotlist <- list()
for(i in 1:length(summary)){
  y_scale <- max(summary[[i]]$average[summary[[i]]$Wavelength >= 400 &   summary[[i]]$Wavelength <= 900])
  plotlist[[length(plotlist)+1]] <- ggplot(summary[[i]], aes(Wavelength, average)) +
    scale_x_continuous(name="Wavelength (nm)", limits=c(400, 900), expand=c(0,0)) +
    ylim(0, (y_scale + 0.5))+
    geom_line(aes(color=Sample), na.rm=TRUE) +
    geom_linerange(aes(ymin=average-sem, ymax=average+sem, color=Sample), alpha=0.5, na.rm=TRUE) +
    ylab("Absorbance (AU)") + ggtitle(names(summary)[i]) +
    theme_classic()
}
plotlist[[33]]

希望这能帮到您！