ggplot2：逻辑回归 - 绘制概率和回归线

Question

ggplot2：逻辑回归 - 绘制概率和回归线

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我有一个数据框，其中包含一个连续预测变量和一个二分响应变量。

> head(df)
  position response
1        0        1
2        3        1
3       -4        0
4       -1        0
5       -2        1
6        0        0

我可以很容易地通过glm()函数计算逻辑回归，目前没有问题。

接下来，我想使用ggplot创建一个图表，其中包含每个11个预测变量的经验概率和拟合回归线。

我使用cast()计算了概率，并将其保存在另一个数据框中。

> probs
   position   prob
1        -5 0.0500
2        -4 0.0000
3        -3 0.0000
4        -2 0.2000
5        -1 0.1500
6         0 0.3684
7         1 0.4500
8         2 0.6500
9         3 0.7500
10        4 0.8500
11        5 1.0000

我绘制了概率图：

p <- ggplot(probs, aes(x=position, y=prob)) + geom_point()

但是当我尝试添加拟合的回归线时

p <- p + stat_smooth(method="glm", family="binomial", se=F)

它返回一个警告：二项式glm中的非整数#成功次数！。我知道为了正确绘制stat_smooth，我必须在具有二元变量的原始df数据上调用它。但是，如果我在ggplot()中使用df数据，则看不到绘制概率的方法。

如何将概率和回归线合并到一个图中，以ggplot2的方式呈现，即不会出现任何警告或错误消息？

- vincentqu

先绘制数据和 +stat_smooth，然后使用以下代码添加所需概率的线图：+geom_line(aes(x=position, y=prob), data=probs)。在没有数据示例的情况下未经测试。 - IRTFM

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Beasterfield · Accepted Answer

基本上有三种解决方案：

合并数据框

在将数据分别存储为两个不同的data.frame后，最简单的方法是按position合并它们：

mydf <- merge( mydf, probs, by="position")

接着您可以在这个data.frame上调用ggplot而不会出现警告：

ggplot( mydf, aes(x=position, y=prob)) +
  geom_point() +
  geom_smooth(method = "glm", 
    method.args = list(family = "binomial"), 
    se = FALSE)

enter image description here

避免创建两个数据框

未来，您可以直接避免创建两个分开的数据框，然后再进行合并。个人而言，我喜欢使用plyr包进行操作:

librayr(plyr)
mydf <- ddply( mydf, "position", mutate, prob = mean(response)  )

编辑：使用每层不同的数据

我忘了提到，您可以为每个图层使用另一个data.frame，这是ggplot2的一个重要优势：

ggplot( probs, aes(x=position, y=prob)) +
  geom_point() +
  geom_smooth(data = mydf, aes(x = position, y = response),
    method = "glm", method.args = list(family = "binomial"), 
    se = FALSE)

作为一个额外的提示: 避免使用变量名df，因为你会通过给这个变量赋值来覆盖内置函数stats::df。