如何在igraph网络图中延长边缘（布局=fruchterman.reingold）？

Question

尝试在R中绘制网络图。如何使用IGraph延长网络图中的边缘长度?

我想要使用fruchterman-reingold布局。有没有办法使该基于力的算法更具“弹性”，以便我的顶点之间距离更远?

谢谢。

- Monica

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有任何解决办法吗？ - Shlomi Schwartz

Answer 1

您可以使用layout.fruchterman.reingold函数来控制Fruchterman-Reingold算法。参见：help('layout.fruchterman.reingold')。我经常使用的设置会让您获得更多的间距：

l <- layout.fruchterman.reingold(g,niter=500,area=vcount(g)^2.3,repulserad=vcount(g)^2.8)
plot(g,layout=l)

其中g是你的图形对象。最好为你的图形测试这些参数的不同值，看看哪个有效。特别是repulserad会影响图形中节点之间的间距。默认值为节点数量的平方，因此更高的值应该可以让你得到更多间距较大的图形。

- Sacha Epskamp

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“Argument `repulserad'已被弃用并且在v.1.0.1中没有任何效果。” - WAF

有解决废弃问题的任何解决方案吗？ - Christopher John

Answer 2

如果通过调整参数，layout.fruchterman.reingold算法仍然不能给你想要的结果，那么请按照以下步骤操作。每个布局都会返回一组坐标，其中第一列和第二列分别是x坐标和y坐标。您可以在此处应用任何转换，如果只想进行缩放，则只需使用。

L = layout.fruchterman.reingold(G)*s; #Scaling factor s

当然，还有更多花式的转换方式。仅供记录，您也可以使用tkplot(G, layout=L)手动使用鼠标编辑布局。您可以通过L = tkplot.getcoords(1)获取坐标。

- Vincent Traag

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按照常数进行缩放没有效果，除非您在 igraph::plot 函数中提供 rescale=FALSE 参数。 - deeenes