根据社区更改IGraph绘图中的布局结构

Question

我创建了一个包含社区成员身份的igraph：

fc <- fastgreedy.community(graph)
colors <- rainbow(max(membership(fc)))

这为我提供了每个节点所属的集群。现在当我绘制这个时：

plot(graph,vertex.color=colors[membership(fc)], 
    layout=layout.kamada.kawai)

这个布局不能根据成员资格来独立分离每个节点组，您知道有哪种不同的布局可以提供这种功能吗？所有这些都只是把布局：kamada.kawai 着色，而不是重新组织布局以便按成员资格组织。

希望这个问题表述清楚了。谢谢！

- nak5120

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igraph手册建议了什么？我可以建议尝试一下“Cytoscape”。它有一些非常好的图形可视化自定义选项。 - Rockbar

通过在社区内部所有顶点之间添加（强）连边来修改网络，并计算此网络上的布局。然后使用原始网络与计算出的布局。 - Gabor Csardi

假设我创建了强关系（将矩阵二分），使得我们从0到聚类数都有，您认为如果我将矩阵转换为此格式，当我进行布局时，它会自动重新定位网络图吗？@GaborCsardi - nak5120

Answer 1

您需要使用人造权重向量计算Kamada-Kawai布局，该向量将高权重分配给簇内的边缘，低权重分配给跨越群集边界的边缘：

> graph <- grg.game(100, 0.2)                 # example graph
> cl <- fastgreedy.community(graph)
> weights <- ifelse(crossing(cl, graph), 1, 100)
> layout <- layout_with_kk(graph, weights=weights)
> plot(graph, layout=layout)

这里的技巧在于ifelse(crossing(cl, graph), 1, 100)部分。 crossing(cl, graph)接受一个聚类和它所属的图，并返回一个布尔向量，该向量为每个边界定义了是否跨越簇边界。然后 ifelse()调用只需将此向量中的TRUE（即跨越边界的边）替换为1，将FALSE（即边界内保持的边）替换为0。

- Tamás