igraph - 邻居作为子图 - 使用make_ego_graph()作为单个图

Question

我想构建一个有向网络图的子图，其中所有顶点都共享特定的顶点属性（例如，V(Grph)$year == "1952"），并且它们的一阶（直接）邻居，仅基于出度。

我尝试过ego()、make_ego_graph()、neighbors()和adjacent_vertices()等函数。

例如， CitGraph <- make_ego_graph(Grph, 1, nodes = which(V(Grph)$year=="1952"), mode = "out") 生成了一个图列表（而不是一个单独的全面的图），但对于这个年份下的50k个顶点和150k个被指向的邻居意外地需要两个小时。

我能想到的一种方法是将列表中的所有图聚合起来，但不知道如何操作。另外，我希望保留顶点属性，因为我的最终目标是根据另一个顶点属性（在这种情况下是地理位置）计算assortativity_nominal()。

谢谢您提供的任何建议！

- user5835099

Answer 1

确实，make_ego_graph返回一个邻域图，对于列表 nodes中的每个顶点都有一个。

我建议您使用需要包含在子图中的边的列表来解决它，而不是顶点的列表。假设您的顶点列表已解析为 list_of_vertices <- V（Grph）$ year ==“1952”或者其他符合条件的内容，您可以这样做：

list_of_edges <- E(your_graph)[from(list_of_vertices) | to(list_of_vertices)]
your_subgraph <- subgraph.edges(your_graph, list_of_edges)

我正在使用有向图。

希望对你有所帮助。

- lrnzcig

---

太好了，它完美地运行了，谢谢！对于我的示例，我不仅对1952个顶点之间的边感兴趣，而且更广泛地对所有从它们出发的边感兴趣，因此我必须调整您代码的第一行为list_of_edges <- E(your_graph)[from(list_of_vertices)]。 - user5835099