如何提取lmer输出的固定效应部分的相关性？

Question

当你有一个具有许多因素和交互作用的多层模型时，固定效应矩阵的相关性大小可能会变得相当大且不清晰。

我可以使用打印方法中的symbolic.cor=T参数来使摘要更清晰打印出来，如下所示：

ratbrain <-
within(read.delim("http://www-personal.umich.edu/~bwest/rat_brain.dat"),
{
treatment <- factor(treatment,
labels = c("Basal", "Carbachol"))
region <- factor(region,
labels = c("BST", "LS", "VDB"))
})

print(mod<-lmer(activate ~ region * treatment + (0 + treatment | animal),ratbrain),symbolic.cor=T)

这将为大矩阵绘制一个相对清晰的相关系数矩阵。尽管此示例的矩阵并不是很大。 但如果我能绘制相关性的热力图那就更好了。
如何提取固定效应的相关性，以便我可以制作这个热力图？

编辑：

以下是我根据答案创建的函数。

fixeff.plotcorr<-function(mod,...)
{
  #require(GGally) # contains another correlation plot using ggplot2
  require(lme4)

  fixNames<-names(fixef(mod))

  # Simon O'Hanlon's answer:
  # so <- summary(mod)
  # df<-as.matrix(so@vcov@factors$correlation) for version lme4<1.0
  # df<-as.matrix(so$vcov@factors$correlation)  # lme4 >= 1.0

  df<-as.matrix(cov2cor(vcov(mod))) #Ben Bolker's solution

  rownames(df)<-fixNames
  colnames(df)<-abbreviate(fixNames, minlength = 11)

  colsc=c(rgb(241, 54, 23, maxColorValue=255), 'white', rgb(0, 61, 104, maxColorValue=255))
  colramp = colorRampPalette(colsc, space='Lab')
  colors = colramp(100)
  cols=colors[((df + 1)/2) * 100]
  # I'm using function my.plotcorr which you can download here:
  # http://hlplab.wordpress.com/2012/03/20/correlation-plot-matrices-using-the-ellipse-library/
  my.plotcorr(df, col=cols, diag='none', upper.panel="number", mar=c(0,0.1,0,0),...)

  # Another possibility is the corrplot package:
  # cols <- colorRampPalette(c("#67001F", "#B2182B", "#D6604D", "#F4A582", "#FDDBC7", 
  #                              "#FFFFFF", "#D1E5F0", "#92C5DE", "#4393C3", "#2166AC", "#053061"))
  # require(corrplot,quiet=T)
  # corrplot(df, type="upper", method="number", tl.pos='tl', tl.col='black', tl.cex=0.8, cl.pos='n', col=cols(50))
  # corrplot(df,add=TRUE,  method='ellipse', type='lower', tl.pos='n', tl.col='black', cl.pos='n', col=cols(50), diag=FALSE)
}

您需要从此处下载my.plotcorr函数。 使用命令fixeff.plotcorr(mod)得到的上面示例的结果图现在看起来像这样：

- Robert

Answer 1

如何使用内置的

cov2cor(vcov(mod))

?

- Ben Bolker

---

不错啊！我不知道那个函数。 - Robert

Answer 2

我不知道直接的方法，但这是一种解决方法。

 diag(diag(1/sqrt(vcov(mod)))) %*% vcov(mod) %*% diag(diag(1/sqrt(vcov(mod))))

- MYaseen208

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+1 对于我来说，这不是一个变通方法，而是从v-cov矩阵中推导出相关性的数学推导！ :-) - Simon O'Hanlon

Answer 3

使用S4方法列表函数，我们可以返回在调用类为"mer"的对象的print时分派的函数：

selectMethod( print , "mer" )

查看返回的源代码，我们可以找到适用于您的行：

if (correlation) {
            corF <- so@vcov@factors$correlation

so被定义为对象的概述，因此在您的情况下，您只需要提取：

so <- summary(mod)
so@vcov@factors$correlation

- Simon O'Hanlon