如何从lmerMod对象中提取原始公式（固定效应和随机效应）？

Question

如何从lmerMod对象中提取原始公式（固定效应和随机效应）？

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假设我们提出了以下线性混合模型（LMM），我们通常称之为fit。

library(lme4)

fit <- lmer(Reaction ~ Days + (1 | Subject), data = sleepstudy)

假设我们还想从fit中提取原始公式（即固定效应和随机效应部分），并将其传递给另一个称为fit2的LMM。显然，将terms(fit)传递给lmer()的formula参数是行不通的。

> fit2 <- lmer(terms(fit), data = sleepstudy)
Error: No random effects terms specified in formula

问题

有没有一种方法可以从fit中提取固定效应和随机效应部分，然后将其传递给lmer()？

- Dion Groothof

你是否试图从 fit 中提取原始公式，即 Reaction ~ Days + (1 | Subject)？ - neilfws

@neilfws 是的，那就是我的意思！ - Dion Groothof

2

fit@call$formula 也可以实现。 - neilfws

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Mikael Jagan · Accepted Answer

像 lme4 这样的软件包通常会实现 formula 方法，其唯一目的是从模型对象中提取公式，以便您无需过多考虑对象内部细节。

在 lme4 中，类 "merMod" 有一个名为 lme4:::formula.merMod 的 formula 方法。虽然类 "lmerMod" 没有该方法，但由于 "lmerMod" 是类 "merMod" 的直接子类——您可以使用 showClass("lmerMod") 来检查——因此，在执行 formula(<lmerMod>) 时调用 "merMod" 的方法。

因此:

formula(fit)
## Reaction ~ Days + (1 | Subject)
formula(fit, fixed.only = TRUE)
## Reaction ~ Days
formula(fit, random.only = TRUE)
## Reaction ~ (1 | Subject)
## <environment: 0x11b3944e0>

最后一个调用返回的公式环境不正确。我已在GitHub上创建了问题。

lme4 实现了一系列 "merMod" 类的提取方法。例如，还有一个 model.matrix 方法，您可以使用它来提取固定效应和随机效应模型矩阵。这些方法中大多数都记录在 ?lme4::`merMod-class` 中，因此您可以在未来将其作为参考。

要获取可用方法的完整列表，请查看

methods(class = "merMod")
methods(class = "lmerMod")

加载lme4后。