在安装Enthought Canopy之后安装Python模块"rpy2"

Question

我的一些Python脚本使用rpy2作为与R交互的接口，在之前的Enthought EPD Python中完美运行。

最近我安装了Enthought的Canopy Python。现在Python无法找到rpy2模块，当我尝试重新安装它时，会出现以下错误：

$ easy_install rpy2

[...]

Processing rpy2-2.3.5.tar.gz
Writing /var/folders/9n/qk8wf11d205b0lrr57wyg7k80000gp/T/easy_install-HIclIh/rpy2-2.3.5/setup.cfg
Running rpy2-2.3.5/setup.py -q bdist_egg --dist-dir /var/folders/9n/qk8wf11d205b0lrr57wyg7k80000gp/T/easy_install-HIclIh/rpy2-2.3.5/egg-dist-tmp-A3O60G
"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R" CMD config --ldflags
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 142: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 143: make: command not found
R was not built as a library
Invalid substring

in string

error: Setup script exited with Problem while running `"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R" CMD config --ldflags`

- Martin

Answer 1

您的错误表明R未使用--enable-R-shlib构建，或者设置难以找到R。在此过程中，您是否还升级/重新安装/重建了R？在终端中，以下命令的输出是什么：

echo $R_HOME

并且

ls $R_HOME/lib

假设第一个显示的是 /Library/Frameworks/R.framework/Resources，这个路径符合 rpy 安装程序的寻找路径，但第二个路径是否有可用的 libR.dylib 呢？

如果没有，请尝试重新安装 R。

- bbbruce

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谢谢您的回答！事实证明我需要重建R，为此我必须下载Xcode命令行工具。以下是解决问题的步骤：

1. 下载最新版本的Xcode（4.6.2）
2. 在XCode首选项>下载>安装命令行工具
3. 下载最新版本的R
4. 在R-3.0.0文件夹中：./configure --enable-R-shlib
5. easy_install rpy2

- Martin