数据框的小提琴图

Question

我有一个数据框，例如：

df = data.frame(AAA=rnorm(100,1,1),BBB=rnorm(100,2,1.5),CCC=rnorm(100,1.5,1.2))

我希望能够绘制每个列的联合小提琴图，这与it技术有关。

到目前为止，我已经做了以下工作：

names(df)[1] = 'x'
do.call('vioplot', c(df,col="red",drawRect=FALSE))

我接下来想做的是将 df 的列名作为 x 轴标签而不是默认的 vioplot x 轴标签，并且以一种不重叠的方式呈现。我认为可以通过在绘图中展示 df 的列或倾斜 x 轴标签来实现这一点，但我无法弄清楚如何操作。

- user1701545

Answer 1

可能更容易使用ggplot。

df = data.frame(AAA=rnorm(100,1,1),
                BBB=rnorm(100,2,1.5),
                CCC=rnorm(100,1.5,1.2))

需要将数据转换为 ggplot 可以处理的格式：

df.m <- reshape2::melt(df, id.vars = NULL)

并绘制：

library(ggplot2)
ggplot(df.m, aes(x = variable, y = value)) + geom_violin()

- rawr

Answer 2

我最喜欢ggplot的解决方案，但以下是如何使用do.call进行操作：

do.call(vioplot,c(unname(df),col='red',drawRect=FALSE,names=list(names(df))))

值得注意的是，您无需执行names(df)[1] = 'x'，因为您可以使用unname删除名称。

- nograpes

Answer 3

你尝试过放弃使用do.call调用，分别处理它们吗？

vioplot(df[,"AAA"], df[,"BBB"], df[,"CCC"], 
        col = "red", drawRect = FALSE,names = names(df))

- Rich Scriven

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我现在试图避免使用循环（我的真实数据框有许多列），但是如果我找不到更好的解决方案，我想我可以使用循环。 - user1701545

Answer 4

另一个简单的选择是使用 ggpubr 中的 ggviolin 函数，使用像这样的长格式数据：

df = data.frame(AAA=rnorm(100,1,1),BBB=rnorm(100,2,1.5),CCC=rnorm(100,1.5,1.2))
library(dplyr)
library(tidyr)
library(ggpubr)
df %>%
  pivot_longer(cols = everything()) %>%
  ggviolin(x = "name",
           y = "value")

^{由 reprex package (v2.0.1) 于2022年8月14日创建}

- Quinten

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很确定reshape2现在已经被弃用了，最好使用tidyr代替。 - user438383

@user438383，是的，你说得对！已经改成了pivot_longer，谢谢！ - Quinten