在浏览器上绘制10亿个三维点

Question

在浏览器上绘制10亿个三维点

pythonplotlyholoviewsdatashader

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我有一个大约为200 x 200 x 200 x 150的网格需要在浏览器上绘制。

这可以表示为X x Y x Z x Color。3D散点图通常具有此功能。

我尝试过plotly.Scatter3d，但仅适用于小得多的数据集。

我看了一下Datashader，但不幸的是只适用于2D。我还检查过Datashader+Holoviews，但没有找到任何解决方案......

我离成功最近的是来自PlotLy的MRI Slice示例：https://plot.ly/python/visualizing-mri-volume-slices/

如果有可能添加额外的切片器（X、Y和Z），则可能是一个解决方案。虽然不是我想要的，但也算是一个解决方案。

如果有任何实现此目标的想法，将不胜感激。谢谢

- RicLeal

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例如，从十亿个绘制的点中，你可以学到什么，而从一百万个点中则不行呢？ - roganjosh

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今天最好的显示器上平均每个像素将点亮 1.2*10^9 个点，但它们是完全没有意义的。你需要想办法将这些点代表的信息转化成能够呈现有意义的可视化。如果你没有更好的方法，可以随机采样约 5,000 个点并将它们放在散点图中。请注意，这项任务需要你自己（我指的就是你，不要让程序来完成）来完成。 - High Performance Mark

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@roganjosh：很多，你会感到惊讶。请查看datashader网站以了解这个概念。 - RicLeal

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@HighPerformanceMark：问题在于可能从10亿个点中提取的详细程度。只要有缩放选项，可以从服务器检索新数据，我完全支持这样做。我认为Datashader就是这样工作的... - RicLeal

@roganjosh：没问题。我尊重你的观点。这不是为了传达信息，而是为了分析晶体固体的原子尺度动态特性，几个像素就会有所不同。 - RicLeal

1个回答

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原文链接

- James A. Bednar · Accepted Answer

您可以使用来自http://vaex.astro.rug.nl的工具，因为它具有Datashader的聚合的3D版本，尽管它专注于密度图（热图），而不是已经网格化的数据。

一些人已经在Datashader+HoloViews中设置了用于处理图像堆栈（或将体积数据视为图像堆栈）的工具，并提供了一些示例代码，位于https://github.com/pangeo-data/pangeo/issues/144。我认为在http://pangeo.pydata.org上有一个可运行的示例，名为“scikit-image-example.ipynb”，尽管可能已经不存在了。我们肯定希望使其更容易实现，因为这是一个常见的问题，但目前并不是我们的紧急路线图上的重点。如果有人制作出可以重复使用的东西，我们很乐意接受贡献...