如何使用Python创建Gephi网络图？

Question

我刚了解到GephiStreamer。https://pypi.python.org/pypi/GephiStreamer

使用该软件包，可以从Python向Gephi发送指令，在Gephi中创建节点和边。

# Create a node with a custom_property
node_a = graph.Node("A",custom_property=1)

# Create edge 
edge_ab = graph.Edge(node_a,node_b,custom_property="hello")
stream.add_edge(edge_ab)

类似地，我想通过Python在Gephi中进行所有操作。这是我通常的做法。

例如：

步骤：

1. 加载节点 2. 加载边缘 3. 计算介数中心性 4. 根据节点的中心性分数更改其大小/颜色 5. 更改图形布局（如forceatlas2） 6. 输出图形

下面是我手动得到的输出结果，但我希望通过从Python发送指令来生成相同的结果。文档没有提供有关创建节点、边缘和图形之外的任何信息。

我还发现了NetworKit：https://networkit.iti.kit.edu/data/uploads/docs/NetworKit-Doc/python/html/gephi.html 这比gephistramer稍微好一点，但需要Python 3.4或更高版本，并且大多数软件包（如pandas、numpy或sickit）都是2.7。

另外，是否有一种方法将我在gephi中创建的文件发送回Python。

请给建议。

PS：我已编辑整个问题的细节，以便现在更容易理解（希望如此）。

- user5287246

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你想在使用Python构建图形的同时运行Gephi吗？还是只需要创建一个文件，然后将其加载到Gephi中即可？ - Yannis P.

@YannisP。是的，gephi可以运行。但我希望一切都由Python完成。 - user5287246

是的，但您是否想从Python流式传输到Gephi？否则，您可以使用NetworkX并将图形写入GEXF格式，这是Gephi本地支持的。 - Yannis P.

再次说明您想要做什么还有点不清楚。您可以使用Gephi打开gexf文件并进行任何处理，除非这是您想要避免的，并且直接从Python中获得与Gephi相同的图形绘制。在这种情况下，请编辑您的帖子以使其更清晰明了。 - Yannis P.

实际上，你的问题不是很清楚...看起来你成功在Python中创建了一个图形，并将其发送到Gephi，那么，你的问题到底是什么，用一句话描述？ - cedbeu

问题是我必须使用Python完成所有工作，但Python的netowrkx可视化输出不如Gephi令人印象深刻。因此，我想在Python中编写所有代码，并从Gephi借用可视化效果。由于我需要多次进行此操作，并且对于大量网络进行操作，因此应该是自动化的。我无法手动在Gephi上创建图表，应该由Python自动完成（通过发送指令或文件等）。 - user5287246

Answer 1

我在寻找答案时发现了这个问题。 我选择了Gephi作为我的可视化工具，然后想通过使用Python从我的组织周围提取数据来构建一个该工具良好支持的图形。

我找到了GephiStreamer，它看起来是一种简单而全面的方法，可以从外部python环境（命令行或IDE）构建Gephi中的图形

此时的其他选项包括：

• Gephi Python脚本控制台
• 任何能够以Gephi可读格式导出的图形库
• NetworkX
• python-igraph
• graph-tool
• 任何Python GEFX编写器（Google“python GEFX”）

- Frobbit

Answer 2

这个问题没有简单的答案。在Facebook群组中的人可能知道一些，但我认为最好的方法是从jython调用Gephi工具包（即可用的jar），请参考这里的示例。问题在于jython不允许安装numpy和一系列其他库，但我想你可以通过将一个脚本的输出导入另一个脚本或使用类似Celery的队列来解决此问题。

所以我会编写一个名为graph_construction.py的脚本，它使用networkx构建图形，然后将其以gexf格式写入标准输出。然后我会编写第二个脚本gephi.py，在gephi中执行操作，比如将图形写入pdf文件，然后执行以下操作：

python graph_construction.py | jython gephi.py output.pdf

祈求它能够工作。

- Yannis P.