地理数据处理库Geopandas和Google Colab问题：空间索引需要`rtree`或`pygeos`。

Question

我正在尝试使用 Google Colab 上的 gdf.overlay 函数对 2 个 GeoDataFrame 进行交集运算。请见下面的代码：

!sudo apt install libspatialindex-dev
!sudo pip3 install rtree
!pip install pygeos

overlap = gpd.overlay(gdf1,gdf2, how='intersection')
overlap.plot(figsize=(10,10), cmap='jet')

我收到以下错误信息：

ImportError: Spatial indexes require either `rtree` or `pygeos`. See installation instructions at https://geopandas.org/install.html

这里的问题是什么导致的？

- Christopher Tsoi

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你同时使用了 pip 和 pip3。它们很可能在不同的 Python 安装上运行。 - Paul H

使用 conda 安装 rtree 并使用 conda-forge 更新您的 Python 到 cpython。 - BetterCallMe

尝试使用 venv (python3 -mvenv your-virtual-env)，然后避免（始终！）使用 sudo pip。一旦您激活了虚拟环境，通过 pip 安装软件包应该以更可靠的方式生成一个连贯的库生态系统。 - olepinto

Answer 1

我在使用colab时遇到了同样的问题，这是由于依赖关系引起的，请按照以下建议的顺序遵循相同的顺序： https://geopandas.org/getting_started/install.html

对于我来说，在首次安装依赖项后，错误就消失了：

!pip install pandas fiona shapely pyproj rtree

然后：

!pip install geopandas

- Salman

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对我来说，这个方法没有起作用。 - zabop

非常感谢，这对我很有效，我先卸载我的geopandas。 - Jhonny Carvajal Perez

请注意，如geopandas.sindex.SpatialIndex.query文档中所述，如果性能是一个问题，请优先使用pygeos作为“后端”，而不是rtree。 - jmon12