如何在iPython笔记本中调用使用argparse编写的模块
我正在尝试将BioPython序列传递给iPython笔记本环境中Ilya Stepanov实现的Ukkonen后缀树算法。 我在argparse组件上遇到了困难。 我以前从未直接使用过argparse。 如何在不重写main（）的情况下使用它？ 顺便说一下，这篇关于Ukkonen算法的文...
Biopython模块未找到Bio。
请注意：这不是重复内容！ 在运行 Python 代码之前，我在命令提示符中安装了 Biopython：pip install biopython 在尝试在Python中导入它时，我收到一个错误，提示“没有名为Bio的模块”import Bio 相同的事情也会发生在import biopyth...
SeqIO.parse在fasta.gz文件上的应用
我刚开始学编程，也是第一次上线提问。我该怎样打开一个压缩的fasta.gz文件，以便在我的函数里提取信息并执行计算呢？以下是我尝试做的简化示例（我已经尝试了不同的方法），以及错误提示。我使用的gzip命令似乎无法正常工作。with gzip.open("practicezip.fasta.gz...
如何使用Python或R将三字母氨基酸代码转换为一字母代码？
我有一个fasta文件，如下所示。我想把三字母代码转换为一字母代码。我该如何使用python或R完成？>2ppo ARGHISLEULEULYS >3oot METHISARGARGMET 期望的输出>2ppo RHLLK >3oot MHRRM 欢迎提出您的建议！
如何在Python中查找开放阅读框架
我正在使用Python和正则表达式来查找一个ORF（开放阅读框架）。 查找一个子字符串，它仅由字母ATGC（没有空格或换行符）组成，该子字符串应满足以下条件： 以ATG开头，以TAG、TAA或TGA结尾，并且应从第一个字符、第二个字符和第三个字符考虑序列：Seq= "CCTCAGCGAGG...
使用Python进行DNA链的反向互补序列
我有一段DNA序列，想用Python获取其反向互补序列。它在CSV文件的一个列中，并且我想将反向互补序列写入同一文件的另一列中。棘手的部分是，有几个单元格包含除A、T、G和C以外的内容。我使用以下代码成功地获得了反向互补序列： def complement(seq): complem...
为什么我在网页上运行CGI脚本时Python找不到一些模块？
我不知道这里可能出了什么问题： 我有一些来自Biopython的模块，当我使用交互式提示或通过命令行执行python脚本时，可以轻松导入这些模块。 问题是，当我尝试在Web可执行的cgi脚本中导入相同的biopython模块时，会出现“导入错误”： “没有名为Bio的模块。” 有任何想...
史密斯-沃特曼算法中的回溯，带有仿射间隙惩罚
我正在尝试使用仿射间隙罚函数实现Smith-Waterman算法进行本地序列比对。我认为我理解如何初始化和计算计算比对分数所需的矩阵，但是不知道如何回溯以找到比对。为了生成所需的3个矩阵，我有以下代码 for j in range(1, len2): for i in range(1...
Biopython SeqIO 转换为 Pandas 数据表格
我有一个FASTA文件，可以通过SeqIO.parse轻松解析。 我想提取序列ID和序列长度。我使用了以下代码来实现，但我觉得这太重了（两次迭代，转换等）。 from Bio import SeqIO import pandas as pd # parse sequence fasta...
多重FASTA文件处理
我想知道是否有任何生物信息学工具可以处理multiFASTA文件，给我提供序列数量、长度、核苷酸/氨基酸含量等信息，并可能自动绘制描述性图表。一个R BIoconductor解决方案或BioPerl模块也可以，但我没有找到任何东西。你能帮忙吗？非常感谢 :-)