如何在R中给热力图添加黑色边框

Question

您好，我使用"heatmap.plus"在R中创建了一个热力图，如下链接所示：

http://i.stack.imgur.com/hizBf.jpg

但是我需要让热力图看起来像下面链接中从其他GUI软件创建的热���图：

http://i.stack.imgur.com/Y8Faj.png

我该如何在R中为每个热力图元素添加黑色边框？

- Jana

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你的地图上有很多单元格，如果在每个单元格上都加上黑色边框，就不会留下太多空间来展示颜色。 - Spacedman

好的，但是有没有办法像那样加上黑色边框呢？ - Jana

你可以直接使用image()和abline()来完成它 - 确保获取角而不是中心（image可以处理任何一个） - 但是在热图内部获取它将更加棘手，因为它使用布局来设置绘图。 - mdsumner

白色边框怎么样？http://learnr.wordpress.com/2010/01/26/ggplot2-quick-heatmap-plotting/ - Roman Luštrik

Answer 1

如果您按照Learn R博客中的教程，并将此段落的颜色更改为黑色，您将得到：

(p <- ggplot(nba.m, aes(variable, Name)) +
    geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "black") +
    scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue"))

- Roman Luštrik

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按照通常的ggplot答案，该示例无法重现，因为它依赖于需要从遥远的网站导入的外部数据。甚至不清楚输入nba.m对象应该如何格式化。这是经典的ggplot解决方案，依赖于深奥的数据结构。如果我有一个2D矩阵，我想将其绘制为2D热图，而不是将其转换为多维tibble。拜托了，伙计们，plotrix解决方案是最好的。 - Federico Giorgi

我的眼睛看到的是你在攻击一个10多年的帖子吗？:)) 顺便说一下，随意编辑我的答案并在答案中包含（调用）数据。 - Roman Luštrik

Answer 2

试试这个：

 library(plotrix)

 #Build a 40 Row by 40 Column Matrix
 n <- 40
 mat <- matrix(rnorm(n*n), nrow = n)

 #Plot it
 color2D.matplot(mat, cellcolors = color.scale(mat, c(0,0.5,1), c(1,0.5,0), 0))

- bill_080

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函数 lattice::levelplot(mat,border="black") 用于绘制二维矩阵 mat 的等高线图，其中 border="black" 是设置边框为黑色的选项。 - James

Answer 3

你尝试使用heatmap.2了吗？它有参数可以做到这一点。

require("gplots")

data <- # matrix or data frame for your data.

heatmap.2(data, 
          sepwidth=c(0.05, 0.05),  # width of the borders
          sepcolor='black',        # color of the separation lines
          )

根据您想要在图表中展示的内容，可能需要更多的参数。R关于heatmap.2函数的帮助覆盖了您所需的几乎所有内容：?heatmap.2

- John Mark