如何在R中创建相关矩阵？

Question

我有92组相同类型的数据。

我想为任意两个可能的组合制作相关矩阵。

即，我想要一个 92x92 的矩阵。

使得元素 (ci,cj) 是 ci 和 cj 之间的相关性。

我该怎么做？

- Swapnil 'Tux' Takle

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请查看Hmisc软件包中的cor函数或rcorr函数。 - Manuel Ramón

我能够找到两个参数之间的相关性。问题是如何将它们排列在矩阵中？ - Swapnil 'Tux' Takle

这怎么有这么多赞？ - anon

Answer 1

一个例子，

 d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
cor(d) # get correlations (returns matrix)

- Manuel Ramón

Answer 2

你可以使用'corrplot'包。

d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
M <- cor(d) # get correlations

library('corrplot') #package corrplot
corrplot(M, method = "circle") #plot matrix

更多信息请点击这里：http://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

- Jot eN

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是否可以获得类似于这些图表的图形 http://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html，或者一个简单的矩阵，但是使用R-squared而不是pearson、kendall或spearman相关性？ - FraNut

R2等于Pearson相关系数的平方。因此，在创建图表之前，您只需要将M乘以M（将相关矩阵相乘）即可。 - Jot eN

Answer 3

cor函数在计算相关性时会使用矩阵的列。因此，您的矩阵x和矩阵y之间的行数必须相同。例如：

set.seed(1)
x <- matrix(rnorm(20), nrow=5, ncol=4)
y <- matrix(rnorm(15), nrow=5, ncol=3)
COR <- cor(x,y)
COR
image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, xlab="x column", ylab="y column")
text(expand.grid(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2])), labels=round(c(COR),2))

编辑：

这里是使用单个矩阵计算相关矩阵并自定义行和列标签的示例：

png("corplot.png", width=5, height=5, units="in", res=200)
op <- par(mar=c(6,6,1,1), ps=10)
COR <- cor(iris[,1:4])
image(x=seq(nrow(COR)), y=seq(ncol(COR)), z=cor(iris[,1:4]), axes=F, xlab="", ylab="")
text(expand.grid(x=seq(dim(COR)[1]), y=seq(dim(COR)[2])), labels=round(c(COR),2))
box()
axis(1, at=seq(nrow(COR)), labels = rownames(COR), las=2)
axis(2, at=seq(ncol(COR)), labels = colnames(COR), las=1)
par(op)
dev.off()

- Marc in the box

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@Manuel Ramón的例子可能最适合你的情况（单个矩阵）- 将数据集组织为列。 - Marc in the box

在上面的图像中，如何“反转”颜色，即当相关性接近-1或1时为红色，而当接近0时为白色？ - tagoma

image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, col=rev(heat.colors(20)), xlab="x column", ylab="y column") - Marc in the box

@Marcinthebox，你如何在X和Y轴上添加变量标签（而不是数字）？谢谢。 - Agustín Indaco

@AgustínIndaco - 我已经更新了我的答案，并提供了更多的示例。image函数不会自动获取行和列的名称，因此必须手动添加。 - Marc in the box

Answer 4

来看看qtlcharts。它可以让您创建交互式相关矩阵：

library(qtlcharts)
data(iris)
iris$Species <- NULL
iplotCorr(iris, reorder=TRUE)

当您关联更多变量时，效果会更加显著，就像包的vignette中所示：

- epo3

Answer 5

这里有其他实现方式：(将相关矩阵绘制成图形)，但我喜欢你的版本，因为它在方框中显示了相关性。是否有办法将变量名称添加到x和y列而不仅仅是这些索引号？这对我来说将是完美的解决方案。谢谢！编辑：我试图在[马克在方框里]的帖子下发表评论，但我显然不知道自己在做什么。然而，我设法自己回答了这个问题。如果d是矩阵（或原始数据框）并且列名是您想要的内容，则以下代码可以使用：

axis(1, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)
axis(2, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)

如果 las=0，名称将会翻转回它们的正常位置，但我的名称很长，所以我使用了 las=2 来使它们与轴垂直。

编辑2：为了抑制 image() 函数在网格上打印数字（否则它们会重叠你的变量标签），请添加 xaxt='n'，例如：

image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, col=rev(heat.colors(20)), xlab="x column", ylab="y column", xaxt='n')

- TSeymour