在R中对相关矩阵应用阈值

Question

我目前正在使用R处理数据集。我已经创建了一个变量的相关矩阵（皮尔逊相关系数）。但是现在我想为矩阵中显示的值设定一个阈值。 我正在尝试以下代码：

cor_relation = cor(mydata_frame, use="all.obs", method="pearson")

我得到了以下输出：

             200605_s_at      202592_at      202958_at
200605_s_at  1.000000000     0.295065389     0.169772244
202592_at    0.695065389     1.000000000     -0.534394180
202958_at    0.869772244     -0.534394180    1.000000000

当我设置阈值为0.6时，我希望找到以下输出：

             200605_s_at      202592_at      202958_at
200605_s_at  1.000000000        NA              NA
202592_at    0.695065389     1.000000000        NA
202958_at    0.869772244        NA           1.000000000

感谢您的帮助！

有关IT技术的内容，请您提供具体信息。

- jessy

Answer 1

另一种选择：

cor_relation[abs(cor_relation) < 0.6] <- NA

- BrodieG

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谢谢，它完美地运行了。但我不得不删除“abs”，否则它会显示负值，而我只需要正值。 - jessy

Answer 2

is.na(cor_relation) <- abs(cor_relation) < 0.6

将所有系数的绝对值小于0.6的部分替换为NA。

- Sven Hohenstein

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这个东西的内部工作原理是什么？我以为 R 不能通过引用修改东西... - Alex

@Alex 对象并没有被原地修改，而是被复制了两次。尝试使用 tracemem(cor_relation) 命令并运行上述命令。 - Sven Hohenstein