在Quarto文档中使用r.从Python调用R对象

Question

我正在尝试在 Quarto 文档中从 Python 中调用 R 对象：

---
title: "pandas"
format: html
jupyter: python3
---

```{r}
data("penguins", package = "palmerpenguins")
```

```{python}
penguins=r.penguins
penguins
```

当我在RStudio中逐个执行这些代码块时，一切都正常：

> data("penguins", package = "palmerpenguins")
> reticulate::repl_python() # automatically executed by RStudio
Python 3.10.4 (/Users/.../3.10.4/bin/python3.10)
Reticulate 1.24 REPL -- A Python interpreter in R.
Enter 'exit' or 'quit' to exit the REPL and return to R.
>>> penguins=r.penguins
>>> penguins
       species     island  bill_length_mm  ...  body_mass_g     sex  year
0       Adelie  Torgersen            39.1  ...         3750    male  2007
1       Adelie  Torgersen            39.5  ...         3800  female  2007
...

然而，当我尝试呈现这个文档时，它会出现错误：

。

---------------------------------------------------------------------------
NameError                                 Traceback (most recent call last)
Input In [1], in <cell line: 2>()
      1 # Python chunk
----> 2 penguins=r.penguins
      3 penguins

NameError: name 'r' is not defined

根据RMarkdown文档，不需要其他东西（例如rpy2）。

我尝试在R块中添加library(reticulate)或reticulate::repl_python()，但这并没有解决问题。

注意：我知道有一个类似的旧未答复的问题，也是关于RMarkdown的。

谢谢！

- abichat

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我没有使用Quarto，但是在将penguins替换为mtcars后运行了您的代码（保存为test-reticulate.Rmd），并且渲染时没有收到任何错误消息。我使用以下代码来渲染文档：library(rmarkdown); render("test-reticulate.Rmd")。我的平台分别来自于sessionInfo()和sys.version。R：R version 4.1.3 (2022-03-10)，Platform: x86_64-conda-linux-gnu (64-bit)，Running under: Amazon Linux AMI 2018.03；Python：'3.10.4 | packaged by conda-forge | (main, Mar 24 2022, 17:51:59) [GCC 10.3.0]'。 R包版本：reticulate_1.24 rmarkdown_2.13。 - mastropi

感谢您的尝试，我找到了一个“诀窍”使它起作用。 - abichat

Answer 1

Quarto有两个渲染引擎，knitr和jupyter。相关文档在这里。

如果我们使用：

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title: "pandas"
format: html
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```{r}
data("penguins", package = "palmerpenguins")
```

```{python}
penguins=r.penguins
penguins
```

引擎将使用knitr。在渲染时，knitr将使用{{link1：reticulate}}（R接口到Python）来运行python代码块。在此过程中，knitr将进行一些魔术操作，将形式如r.penguins的形式转换为reticulate的形式。因此，文档将成功呈现。换句话说，knitr进行了一些适应性调整，使我们能够轻松地使用reticulate运行python代码块，如果不使用knitr引擎，则无法使用r.penguins等形式。

Quarto使用knitr引擎时，使用r运行所有代码块（自动使用r包reticulate运行python代码块）。

当使用jupyter（jupyter：python3）引擎时，Quarto使用python运行所有代码块。如果我们想运行r代码，则必须在python代码块中使用模块（例如rpy2），而不是r代码块，r代码将不会被运行。

如果我们安装了IRkernel，我们也可以使用r来运行所有代码块，只需设置jupyter: ir。但是python块中的代码将不会被运行。我们必须在r块中使用包（如reticulate）来运行python代码。

这是我的理解。我的英语不好，如果有些句子让您感到困惑，我们可以进一步讨论。

- Gleko Ma

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谢谢您解释这个行为 :) - abichat

Answer 2

我没有解释，但在 YAML 中删除 jupyter: python3 这行代码解决了我的问题。

- abichat