基于ggplot2的绘图函数创建方面出现错误

Question

基于ggplot2的绘图函数创建方面出现错误

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我正在尝试为现有的R包开发一个基于ggplot2的绘图函数。用户应该能够指定数据框（datfile），在图中放置垂直线的位置（alpha）以及用于通过分面创建子图的分组变量（group）。

以下是一些示例数据：

#Some hypothetical data
Computed=c(0.03, 0.25, 0.74, 0.02, 0.0023, 0.43, 0.56, 0.32, 0.005, 0.0032, 0.06)
Reported.P.Value=c(0.25, 0.24, 0.74, 0.01, 0.001, 0.40, 0.56, 0.32, 0.003, 0.0032, 0.02)
Journal=c("a", "b","a", "b","a", "b","a", "b","a", "b","a")

dat=data.frame(Computed, Reported.P.Value, Journal)

该函数如下所示：

plot1 <- function(datfile, alpha, group){

p <- ggplot(datfile, aes(y = Computed,x = Reported.P.Value))   

p + geom_point(size=2.5)+
  geom_vline(xintercept=alpha, color="grey60",linetype="dashed")+
  geom_abline(intercept=0, slope=1, color="grey60")+
  annotate("text", x= 0.5, y = .10, label="overestimated")+
  annotate("text", x= 0.5, y = .90, label="underestimated")+
  scale_x_continuous(name="Reported p-values", breaks=c(0.00, 0.05, 0.10, 0.25, 0.50, 0.75, 1.0))+
  scale_y_continuous(name="Computed p-values", breaks=c(0.00, 0.05, 0.10, 0.25, 0.50, 0.75, 1.0))+
  facet_grid(group ~ .)
 }

如果我忽略函数，只是自己执行绘图代码（将数据帧中的适当向量替换进去），一切都能正常工作：

但是如果尝试运行绘图函数本身...:

plot1(dat, 0.05, Journal)

我收到了这个错误信息：

Error in layout_base(data, rows, drop = drop) : 
  At least one layer must contain all variables used for faceting

我的错误似乎与这个问题有关（点击此处），接受答案的作者写道：

facet_grid需要特定名称，甚至不能是函数。

这是否意味着我不能将数据帧中的变量传递给函数中的分面选项？我的编程背景不是很好，如果我的函数用户无法指定分面变量，那将是一个真正的打击。非常感谢您的帮助！

- jsakaluk

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- eipi10 · Accepted Answer

您原始代码的两个更改：使用 paste 构建适当的字符串将分面语句传递给 facet_grid（根据 @aosmith 的评论，不需要公式包装器），然后将分面变量作为字符串传递给函数。

plot1 <- function(datfile, alpha, group){

  p <- ggplot(datfile, aes(y = Computed,x = Reported.P.Value))   

  p + geom_point(size=2.5)+
    geom_vline(xintercept=alpha, color="grey60",linetype="dashed")+
    geom_abline(intercept=0, slope=1, color="grey60")+
    annotate("text", x= 0.5, y = .10, label="overestimated")+
    annotate("text", x= 0.5, y = .90, label="underestimated")+
    scale_x_continuous(name="Reported p-values", breaks=c(0.00, 0.05, 0.10, 0.25, 0.50, 0.75, 1.0))+
    scale_y_continuous(name="Computed p-values", breaks=c(0.00, 0.05, 0.10, 0.25, 0.50, 0.75, 1.0))+
    facet_grid(paste(group, "~ ."))
}

plot1(dat, 0.5, "Journal")