在R中尝试打开netcdf文件时出现了外部函数调用中的NAs。

Question

我正在使用R版本3.0.2中的ncdf库。我试图反复打开和关闭一些netcdf文件（我可以解释为什么，但这不是这个问题所需要的）。

sapply(1:14000, function(whatever) {
    print(whatever)
      sapply(prediction.cdfs, function(cdf) {
        print(file.path(cdf.dir, cdf))
        nc = open.ncdf(file.path(cdf.dir, cdf))
        close.ncdf(nc)
      })
})

在反复打开和关闭之后，它最终会因为这个错误而失败：

[1] 3329                                                                                             

[1] "/opt/devel/cdfs/file_one.cdf"

[1] "/opt/devel/cdfs/file_two.cdf"

[1] "/opt/devel/cdfs/file_three.cdf"

[1] "/opt/devel/cdfs/file_four.cdf"

[1] "/opt/devel/cdfs/file_five.cdf"

Error in open.ncdf(file.path(cdf.dir, cdf)) : 
  NAs in foreign function call (arg 1)

有人知道发生了什么吗？这个错误似乎是随机的。它发出有关外部函数调用的警报时的时间是可变的。我正在寻找解释或者一个解决方法？

谢谢。

- Andrew Cassidy

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也许可以先设置 options(error=recover)，然后运行代码，当错误将您带入浏览器时，请进行调试。 - Josh O'Brien

@JoshO'Brien 谢谢，我会看一下的。在循环外抛出错误后，我能够打开netcdf文件。这与恢复模式有什么不同吗？ - Andrew Cassidy

我对处理netcdf文件的R包一无所知，因此无法给您提供太多有根据的指导。话虽如此，我会使用浏览器尝试查看错误消息中的“NAs”来自何处。 - Josh O'Brien

Answer 1

我认为问题出在之前分析步骤中未关闭同一文件的连接。我正在Linux系统上运行此操作，因此我在循环运行时跟踪了打开的文件连接。

watch ls -l /proc/${PID}/fd

连接打开和关闭都很正常，但我看到一些旧的连接还留在那里，这是之前分析时遗留下来的。我关闭了它们，一切运行得非常好！！！

- Andrew Cassidy