打开netcdf文件时，R崩溃了。

Question

我下载了一个netcdf文件，现在想在R中打开它。以下是我的代码：

download.file("https://data.giss.nasa.gov/impacts/agmipcf/agmerra/AgMERRA_1980_prate.nc4",destfile = "AgMERRA_1980_prate.nc4", method="libcurl")

我想使用R语言打开netcdf文件。

library(ncdf4)
my.file <- nc_open("AgMERRA_1980_prate.nc4")

然而，每次我这样做时，R都会崩溃。 我的代码有问题还是R Studio有问题？

sessionInfo() R版本3.5.0（2018-04-23） 平台：x86_64-w64-mingw32/x64（64位） 运行环境：Windows 7 x64（build 7601）Service Pack 1

矩阵乘积：默认值

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如果我手动下载文件，则可以打开它。 所以我下载的方式可能有问题。 有什么建议吗？

- 89_Simple

Answer 1

我怀疑这个问题是下载NetCDF文件：手动可以，download.file会产生错误的重复。 @Luis在那里建议使用mode = "wb"而不是默认值mode = "w"，对我来说成功地避免了R 4.0.2、RStudio 1.3.959和ncdf 1.17中nc_open()崩溃的问题。wb告诉download.file()将文件视为二进制文件，与netCDF格式一致。

对于此处感兴趣的数据，应该是：

download.file("https://data.giss.nasa.gov/impacts/agmipcf/agmerra/AgMERRA_1980_prate.nc4", destfile = "AgMERRA_1980_prate.nc4", method = "libcurl", mode = "wb")

- Todd West

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非常有用！使用 model = "wb"，我可以在 Windows 上使用任何一种方法。 - Danny

嗨！我遇到了一个类似的问题：当尝试自动打开从thredds服务器下载的.nc文件时，R会崩溃，但手动保存的文件没有问题。然而，即使在我的情况下，使用 mode =“wb” 似乎也解决不了问题...有人发现其他解释了吗？ - Timelate

+1 我们在从Thredds服务器直接下载时遇到了同样的问题。这似乎与文件大小大于1GB有关（相同空间范围的较小时间子集可以正常下载）。 - Thomas Moore

对于不使用Windows的人来说，一个可能的选择是mode =“ab”是合适的。我没有在*nix上尝试过，也没有需要下载大型netCDF文件的经验，因此在这方面没有直接的经验。 - Todd West

Answer 2

我不确定这里发生了什么，可能是与Windows有关。我尝试在没有method="libcurl"参数的情况下下载，似乎可以正常工作。

download.file("https://data.giss.nasa.gov/impacts/agmipcf/agmerra/AgMERRA_1980_prate.nc4",
destfile = "AgMERRA_1980_prate.nc4")



library(ncdf4)
my.file <- nc_open("AgMERRA_1980_prate.nc4")


File AgMERRA_1980_prate.nc4 (NC_FORMAT_NETCDF4):

     1 variables (excluding dimension variables):
        short prate[longitude,latitude,time]   (Chunking: [1440,720,1])  (Compression: level 9)
            _FillValue: 32767
            description: Precipitation Rate
            units: mm/day
            add_offset: 0
            scale_factor: 0.100000001490116
            vMin_original_data: 0
            vMax_original_data: 457.399993896484
            vRange: 457.399993896484

     3 dimensions:
        time  Size:366   *** is unlimited ***
            units: days since 1980 01-01-01 12:00:00
        latitude  Size:720
            units: degrees_north
        longitude  Size:1440
            units: degrees_east

    4 global attributes:
        history: Tue Aug 12 16:42:13 EDT 2014
        source: AgMIP / Alex Ruane
        title: AgMERRA v1.1 Precipitation Rate
        center: NASA GISS

我的会话信息 -

R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.6

- Suhas Hegde