Mac OS X中的R错误“ld：warning：directory not found for option”

Question

Mac OS X中的R错误“ld：warning：directory not found for option”

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我正试图从源代码安装一个R包，但遇到错误：

* installing *source* package ‘mclust’ ...
** package ‘mclust’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gfortran-4.8   -fPIC  -g -O2  -c mclust.f -o mclust.o
gfortran-4.8   -fPIC  -g -O2  -c mclustaddson.f -o mclustaddson.o
clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o mclust.so mclust.o mclustaddson.o -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRlapack -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRblas -L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2 -lgfortran -lquadmath -lm -L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2 -lgfortran -lquadmath -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2'
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2'
ld: library not found for -lquadmath
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [mclust.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘mclust’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/mclust’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘mclust’ had non-zero exit status

我没有/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0，所以它找不到是有道理的。我有/usr/local/lib/gcc/i686-apple-darwin11和/usr/local/lib/gcc/4.8（符号链接到Homebrew安装）。它从哪里获取x86_64-apple-darwin13.0.0?

在线上有很多类似错误的参考资料。然而，所有这些参考资料都与在Xcode中编译有关，并通过更新项目设置来解决，这在这里不适用。

- burger

"Official R Core" 不支持 Homebrew 安装。在 http://r.research.att.com/ 上有一个 Fortran 包，但我认为它可能与最终出现在 Frameworks 树中的“授权”版本进行了静态链接。我不是这个领域的专家，有一些 SO 的用户（想到 @hrbrmstr）认为 homebrew 是“完全没问题”的。搜索“user:1457051 homebrew”，看看是否有比我更多的支持。 - IRTFM

CRAN使用的当前版本的clang和gfortran可以在此处找到：https://cran.r-project.org/bin/macosx/tools/ - IRTFM

13个回答

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结合之前的解决方案和来自评论区的额外帮助，以下解决方法在我使用的Mac OS X High Sierra上已经成功。

创建/编辑~/.R/Makevars并添加以下内容：

VER=-8
CC=gcc$(VER)
CXX=g++$(VER)
CXX11=g++$(VER)
CXX14=g++$(VER)
CXX17=g++$(VER)
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/8.2.0/lib/gcc/8

注意，我正在使用Homebrew，并安装了gcc版本8.2.0。

- Megatron

FLIBS的负责人在类似情况下工作过，当时编译器找不到gfortran的库。 - Clayton Stanley

只是为了其他遇到同样问题的人，这种方法在我的MacOS Big Sur上也起作用了。 - A_Murphy

唉，对于我在M1上使用Big Sur来说，它不起作用。与其他答案的评论一样，首先将第二行更改为CC = gcc并使用/opt/homebrew。但是会抛出“检查g ++ -10是否接受-g...否则configure：错误：未找到C ++编译器或无法创建可执行文件”。 - tiptoebull

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我在Mac上工作时有这个问题已经很长时间了。遵循本页面和其他问题的其他答案，我做了以下步骤，最终问题得以解决！

第一步 - brew install gcc（安装gcc-11.如果您将来使用的版本不同，请替换下面的gcc-11，并检查文件夹/usr/local/bin中的最新gcc版本文件）

第二步 - xcode-select --install （这将安装Xcode CLI）

第三步 - ln -sf /usr/local/bin/gcc-11 /usr/local/bin/gcc （这将在/ usr / local / bin /下创建一个新的gcc符号链接。来源）

第四步 - 我没有~/.R/Makevars文件。实际上我连~./R文件夹都没有。因此我新建了一个文件夹和一个文件。下面是我在Makevars文件中编写的内容（请根据您拥有的版本更改第一行和最后一行中的GCC版本。还要记得在第一行中只包含总版本号而不是完整版本号。在我的情况下是11）：

VER=-11
CC=gcc$(VER)
CXX=g++$(VER)
CXX11=g++$(VER)
CXX14=g++$(VER)
CXX17=g++$(VER)
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/11.2.0_3/lib/gcc/11

现在重新启动，完美！它能够正常工作。

- user1993

1

刚刚解决了我的gfortran问题。 - rbasa

1

这对我来说有效（2023年9月19日），在Mac OS Ventura 13.5.2上。R版本为4.2.3。请确保将版本号VER和FLIBS路径更改为您的最新版本。谢谢，@user1993！ - undefined

由于大多数答案都是过时的，那么我该如何确定版本值呢？ - undefined

1

@jzadra 我在第一步中提到 - 检查垃圾箱。 - undefined

9

您可以从http://thecoatlessprofessor.com/programming/rcpp-rcpparmadillo-and-os-x-mavericks-lgfortran-and-lquadmath-error/下载可选的gfortran库并提取它们，以解决此问题。在命令行上执行以下操作：

http://r.research.att.com/libs/

curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
sudo tar fvxz gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /

- Jim

4

当我输入第二行时，出现了 "tar: Unrecognized archive format" 的错误提示。我做错了什么？ - Obromios

6

我正在使用 MacOS Mojave（10.14.5）和 R 4.0.0。问题在于“CRAN R 4.0.0 builds and higher no longer use any custom compilers”（请参见这里），因此，Makevars解决方案似乎不再起作用。

对我来说，解决方案是从官方 R-Project 网站下载并安装 GNU Fortran 编译器。请注意，您还需要 Xcode 和 Xcode 命令行工具。

在使用默认设置运行安装程序后，gfortran 代码的编译工作正常进行。

- lks_swrx

4

在我的情况下，我将这个答案与这个答案相结合，以生成以下代码于~./R/.Makevars文件中。

touch ~./R/.Makevars

（因为它在那里不存在）

open -a BBEdit ~./R/.Makevars

（我使用BBEdit作为文本编辑器）

将以下行添加到Makevars文件中：

VER=-11
CC=gcc$(VER)
CXX=g++$(VER)
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
# FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/11.1.0_1/lib/gcc/11
# FLIBS = -L`gfortran -print-file-name=libgfortran.dylib | xargs dirname`
FLIBS=`gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'`

这两行代码是由@KevinUshy提供的建议。

# FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/11.1.0_1/lib/gcc/11
# FLIBS = -L`gfortran -print-file-name=libgfortran.dylib | xargs dirname`

我把这些注释掉了，因为我认为最后一行可能会起到最好的作用。

两个注意点。

我已经安装了brew，并使用命令brew install gcc安装了gcc。

我使用brew info gcc来确定版本名称，它给出了11.1.0_1，但是它链接为gcc-11，所以.Makevars文件中设置VER=-11。

希望这对其他人有所帮助。

- Sander W. van der Laan

我也在使用版本11，但不知何故我的GCC链接为“gcc”，因此我删除了“VER=-11”并且它工作正常。 - Duccio A

4

我在 MAC 上遇到了同样的错误。我只需要从https://cran.r-project.org/bin/macosx/tools/安装 gfortran-6.1.pkg 即可。确保该软件包已安装在 /usr/local/gfortran 下，以便 R 找到它。

或者您可以通过终端输入brew cask install gfortran来使用 homebrew 安装（它可能会要求您输入密码）。

- Alimz

3

对于 R 4.3.0 及更高版本，您可以通过访问 https://mac.r-project.org/tools/ 并安装 gfortran-12.2 universal 来解决此问题：

R 4.3.0 及更高版本使用通用的 GNU Fortran 12.2 编译器。您可以下载一个安装程序包 gfortran-12.2-universal.pkg（242MB）- 有关更多详细信息和其他下载选项，请参阅 GitHub 上的 R-macos GNU Fortran 发布。

- Giovanni Colitti

只等了7年才等到这一刻。 - burger

2

我使用的是Mac OS Catalina，安装Homebrew、最新版本的gcc和Gfortran 8.2.0解决了这个问题。

- Magda Orzechowska

这在我的Mac OS Catalina上也适用！我使用了gfortran 8.2 Mojave安装版本https://github.com/fxcoudert/gfortran-for-macOS/releases。 - Danny

在Mojave上，执行brew update && brew reinstall r，然后执行brew link --overwrite r即可。 - Obromios

1

解决方案是使用Homebrew重新安装有问题的软件包。

$ brew uninstall --ignore-dependencies --force openssl
$ brew install openssl

$ brew uninstall --ignore-dependencies --force readline  
$ brew install readline

- Tolgahan ÜZÜN

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- coatless · Accepted Answer

你需要修改 ~/.R/Makevars 文件。了解更多信息请参阅：https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#OS-X-packages

或者，@kevin-ushey 在这里更详细地回答了此问题。

出现问题的原因是你的代码没有使用 gcc 运行，而是转发到了 clang。

你需要在 ~/.R/Makevars 中更改编译语句，使用 gcc，具体方法如下：

VER=-5.3.0 
CC=gcc$(VER)
CXX=g++$(VER)
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/5.3.0/lib/gcc/5

假设您已经通过Homebrew安装了gcc：

brew install gcc