logo标签列表

Rcpp警告："未找到选项'-L /usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran'的目录"

rrcpp
13
这个问题与其他一些问题有关，比如RccpArmadillo或element-wise-multiplication。
然而，我的设置是这样的，我不知道我必须编辑/符号链接什么才能使Rccp在没有警告的情况下运行。
我使用最新的R版本，在Mac 10.9（mavericks）上。
一开始，我尝试了从这里RccpvsR得到的以下代码，但是我收到了一个错误：
ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)`

然后，基于 RccpArmadillo 我进行了以下操作：
# Update FLIBS in ~/.R/Makevars
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran
#Re-Install from source
install.packages(c("Rcpp","RcppArmadillo","inline"),type="source")
#Restart R

这只是为了尝试而已，因为我没有 /usr/local/Cellar/gfortran/ 目录。实际上，我的所有 libgfortran* 文件都在这里（在macports目录中）：

>ls /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.*
/opt/local/lib/gcc48/libgfortran.3.dylib       /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.dylib
/opt/local/lib/gcc48/libgfortran.a       /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.spec

我这里有一个路径：/opt/local/lib/gcc48/gcc/x86_64-apple-darwin13/4.8.3/libgfortranbegin.a，但是我任何地方都没有gfortran文件。

然后我再次尝试了代码RccpvsR，令人惊讶的是，它起作用了！除了我收到一个警告之外：

ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran'

因为当然，它并不存在，但是由那段代码创建的函数cosineRcpp可以正常运行。

因此，我想问一下是否需要将/opt/local/lib/gcc48/下的libgfortran文件建立符号链接：

ln -s /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.* /usr/local/lib/

然后删除/编辑该行：

FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran

在 ~/.R/Makevars 中，或者如果我需要安装新的东西。

感谢您提前花费的时间！

1
你是在使用OS X吗？你可能想在r-sig-mac上询问；我认为你需要Xcode命令行工具或类似的东西。rcpp-devel列表也可能有所帮助。我在Linux上，这些东西“只是工作的”。 - Dirk Eddelbuettel
是的，我编辑了这个问题。我使用的是Mac 10.9.5，并且使用最新的R版本。我也安装了Xcode。无论如何，谢谢！ - Javier
请查看Simon的“R on Mac”页面获取gfortran。我认为您可能需要安装其他东西。 - Dirk Eddelbuettel
仅仅安装Xcode是不够的。现在（自OSX 10.7以来），您还需要从Xcode内部安装命令行工具。ATT网站提供的gfortran版本是gfortran-4.2.3，并且警告您大多数其他版本都是不完整的，并明确警告不要使用来自HPC的版本（无论那是什么）。 - IRTFM
@BondedDust：我相信我已经安装了命令行工具，因为我过去需要/使用过它。我晚些时候会在家里检查一下，但我很确定我有它。 - Javier
2个回答
27

简短回答

只需要将 libgfortran 的路径放入 FLIBS 中即可，例如：

FLIBS=-L/opt/local/lib/gcc48/

如果您感到舒适，可以将其中的文件建立符号链接到/usr/local/lib/。然而，这种解决方案相当脆弱，因为如果您更新了gfortran或将其移动到其他目录，则很容易忘记更新此路径。

稍微详细些，您可以查询gfortran以获取libgfortran.dylib的路径，例如：

gfortran -print-file-name=libgfortran.dylib

您可以直接在Makevars文件中执行此操作；例如：

FLIBS = -L`gfortran -print-file-name=libgfortran.dylib | xargs dirname`

过时的长回答

尝试直接从gfortran输出中解析出适当的FLIBS。

首先，一些背景知识。 /usr/local/Cellar目录是OS X上包管理器homebrew使用的默认路径。将其视为macports的替代方法。

现在，Homebrew提供了gfortran及其相关库作为gcc软件包的一部分，因此它安装FORTRAN库的路径已经发生了改变。然而，这些路径（通常）可以通过gfortran -print-search-dirs来发现。例如，在我的系统上，

gfortran -print-search-dirs
将给我。
install: /usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
programs: =/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/
libraries: =/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../:/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/lib/:/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/lib/

使用 R 进行分割并打印，我看到：

[[1]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"

[[2]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                    
[2] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                    
[3] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/"                                                                                          
[4] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                
[5] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/"                                                                                      
[6] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[7] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/"                                

[[3]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                
[2] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[3] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/"                                
[4] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                       
[5] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../"                                                                       
[6] "/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                                                         
[7] "/lib/"                                                                                                                                                         
[8] "/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                                                     
[9] "/usr/lib/"

在我的情况下，libgfortran 实际上存储在这里：

/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../

因此，这就是我们想要传递给FLIBS的路径。但是，提取出来有点麻烦，因此让我们告诉FLIBS使用gfortran通常使用的任何路径：

gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||'

这很不错，但我们希望将库路径以适合编译器的格式呈现;即在前面加上-L。让我们用sed来做到这一点:

gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'

这个输出（为了易读而分割）

-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../
-L/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/lib/
-L/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/lib/

所有这些都意味着以下内容应该适用于您，至少在OS X上，但通常情况下应该适用于任何安装了gfortran（只要它在PATH上）的平台：

FLIBS=`gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'`

这并不完美，例如如果你的路径中有空格，它将失败-- 如果确实存在，则1）你值得得到的结果和2）这也应该是一个相对容易解决的问题。

2
哦，太好了 :) 感谢您提供的所有详细信息。我们应该更新Rcpp FAQ中相应的问题吗？ - Dirk Eddelbuettel
1
@kevin Ushey：我知道Homebrew，但由于我从未使用过它，所以我不知道/usr/local/Cellar是默认目录。现在，我喜欢你的简短回答（它有效），而且我真的非常喜欢你的长回答（也有效）。非常感谢你的帮助！ - Javier
2

@kevin-ushey的答案需要稍作修改（至少我需要；我使用Prezto），需要将单引号添加到grep '^libraries:'，结果如下：

FLIBS=`gfortran -print-search-dirs | grep '^libraries:' | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'`

将那行代码添加到我的~/.R/Makevars文件中就解决了问题！
网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的
可以查看英文原文，
原文链接