Python/Cython：使用Cython与SciPy

Question

Cython教程中有一个很好的例子展示如何在Cython中使用Numpy。然而，我有一些使用scipy.stats包的代码，在尝试编译时出现了以下错误：

dvi.pyx:7:8: 'scipy.stats.pxd' not found

我担心scipy不支持Cython（？）。 有人可以就在Cython中使用scipy发表评论，或者指引我一些资源/教程的方向吗？谢谢！

- Jason Strimpel

Answer 1

我在Cython谷歌小组上找到了这段代码（https://groups.google.com/forum/?fromgroups#!searchin/cython-users/using$20scipy/cython-users/CF9GqYN1aPU/WKC-N9c6zpgJ）。代码显示以下导入：

import pylab as PL
from scipy import integrate
from scipy import optimize
from scipy.integrate import odeint

import numpy as np
cimport numpy as np
cimport cython

这让我相信我能够使用SciPy进行编译。当添加cimport cython语句时，我收到了以下编译错误：

dvi.c:237:31: error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory
dvi.c:238:31: error: numpy/ufuncobject.h: No such file or directory

看起来好像存在路径或目录问题。实际上，我是正确的，并且这个网站上有一篇文章（My Cython code parses into C, but doesn't compile. First time trying to use external C code）。

解决方案是将以下内容添加到我的setup.py文件中：

import numpy 
...
Extension(..., include_dirs = [numpy.get_include(), ... ] )

W00t!

- Jason Strimpel

---

我在setup.py中添加了Extension(include_dirs=[numpy.get_include()])，但是出现了“未定义的Extension”错误。还需要做更多的事情吗？ - Chris

Answer 2

编写

import scipy.stats

不

cimport scipy.stats

- pv.