确定正在执行的脚本的路径

Question

确定正在执行的脚本的路径

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我有一个名为foo.R的脚本，它包括另一个脚本other.R，两个脚本位于同一个目录中：

#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")

但是我希望R能够找到那个other.R，无论当前的工作目录是什么。

换句话说，foo.R需要知道它自己的路径。我该如何做到这一点？

- Frank

2

没有 :( 我还没有看到任何真正有效的解决方案。除了通过传递目录或使用环境变量的变通方法。 - Frank

4

让脚本完全可移植且甚至 R 初学者也能执行，这将是非常惊人的！ - Etienne Low-Décarie

5

似乎所有答案都需要你在某个时刻输入路径（至少要定位文件）！如果你能发送一个压缩文件夹，让任何运行该文件夹内的R脚本文件都从中读取并保存到其中，那将是很好的。 - Etienne Low-Décarie

17

这个单一问题实际上可能成为我完全转向Python的原因。 - Giacomo

9

@giac_man，我觉得R充满了成百上千个这样微小的问题，它们相互累加，使得工作变得非常困难。 - Michael Barton

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31个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- krlmlr · Answer 1

我已经将这个问题的答案打包并扩展到一个新的函数thisfile()中，在rprojroot中。同样适用于使用knitr进行编织。

- Bojan P. · Answer 2

我尝试了这个问题中的几乎所有内容：获取R脚本路径，获取当前脚本路径，查找当前.R文件位置和在Rstudio中将工作目录设置为源文件位置的R命令，但最终发现自己手动浏览CRAN表并找到了 < p > scriptName库

该库提供了current_filename()函数，当通过RStudio进行源代码调用或通过R或RScript可执行文件调用时，会返回脚本的完整路径。

- aprstar · Answer 3

我喜欢steamer25的解决方案，因为它对我的目的来说似乎最为健壮。但是，在RStudio（在windows中）进行调试时，路径无法正确设置。原因是如果在RStudio中设置断点，则源文件使用另一种替代的“调试源”命令，该命令会略微不同地设置脚本路径。以下是我目前正在使用的最终版本，它考虑了在RStudio调试时的这种不同行为：

# @return full path to this script
get_script_path <- function() {
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName)) 
        } else {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
    }
}

- Antoine · Answer 4

我也遇到了这个问题，但以上解决方案都不适用于我。也许是源代码或类似的东西，但不够清晰明了。对于我来说，我找到了一种优雅的解决方案：

paste0(gsub("\\", "/", fileSnapshot()$path, fixed=TRUE),"/")

重要的是 fileSnapshot() 能提供很多关于文件的信息。它返回一个包含 8 个元素的列表。当您选择 path 作为列表元素时，路径将以 \\ 作为分隔符返回，因此代码的其余部分只需更改此处即可。

希望这可以帮助您。

- Andrew Moffat Jr. · Answer 5

我自己解决了这个问题。为了确保您的脚本可移植性，请始终以以下方式开始：

wd <- setwd(".")
setwd(wd)

它之所以有效，是因为 "." 的翻译类似于 Unix 命令 $PWD。将此字符串分配给字符对象后，您可以将该字符对象插入 setwd() 中，然后您的代码将始终以其当前目录作为工作目录运行，无论它在谁的计算机上或位于文件结构中的何处。（额外奖励：wd 对象可用于 file.path()（即 file.path(wd, "output_directory")），以允许创建标准输出目录，而不管通向命名目录的文件路径如何。这确实需要您在引用它之前创建新目录，但使用 wd 对象也可以帮助您完成这一点。

或者，以下代码执行完全相同的操作：

wd <- getwd()
setwd(wd)

或者，如果你不需要在对象中使用文件路径，你可以简单地：

setwd(".")

- iball · Answer 6

Steamer25的方法有效，但仅当路径中没有空格时才有效。至少在macOS上，cmdArgs [match] 返回类似于 /base/some~+~dir~+~with~+~whitespace/ 的内容，而针对 /base/some\ dir\ with\ whitespace/。

我通过将"~+~"替换为普通空格来解决了这个问题。

thisFile <- function() {
  cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  needle <- "--file="
  match <- grep(needle, cmdArgs)
  if (length(match) > 0) {
    # Rscript
    path <- cmdArgs[match]
    path <- gsub("\\~\\+\\~", " ", path)
    return(normalizePath(sub(needle, "", path)))
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
  }
}

显然，您仍然可以像aprstar一样扩展else块。

- mmell · Answer 7

如果不是通过脚本foo.R，而是知道其路径位置，如果您可以更改代码以始终从公共root引用所有source的路径，则以下内容可能会有所帮助：

假设：

/app/deeply/nested/foo.R
/app/other.R

那么这将起作用。

#!/usr/bin/env Rscript
library(here)
source(here("other.R"))

请参考https://rprojroot.r-lib.org/，了解如何定义项目根目录。

- ennuikiller · Answer 8

您可以将R脚本包装在bash脚本中，并像这样检索脚本的路径作为bash变量：

#!/bin/bash
     # [environment variables can be set here]
     path_to_script=$(dirname $0)

     R --slave<<EOF
        source("$path_to_script/other.R")

     EOF

- kuna.matata · Answer 9

我喜欢这种方法：

this.file <- sys.frame(tail(grep('source',sys.calls()),n=1))$ofile
this.dir <- dirname(this.file)

- Ryan C. Thompson · Answer 10

请注意，getopt包提供了get_Rscript_filename函数，该函数仅使用此处介绍的相同解决方案，但已在标准R模块中为您编写，因此您无需将“获取脚本路径”函数复制并粘贴到您编写的每个脚本中。