查找当前.R文件的位置

Question

查找当前.R文件的位置

r

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我已经查看了许多类似的问题（请参见文章末尾），但我没有找到任何可以实现我所需功能的解决方案。根据项目不同，我会在Windows或Fedora上编写代码，并为使用Windows和几个Linux发行版的人编写代码。

我的工作之一是为人们制作R脚本，以自动分析数据并创建图表。最常见的情况是，我只需将脚本发送给他们，然后它就会生成图表。这样，如果数据发生变化或扩展，我就不需要重新运行脚本（此外，他们可以根据需要进行更改）。

问题是，我不知道如何让R脚本找到自己的位置。能够创建以下代码非常方便：

用户将脚本保存到包含数据的文件夹中，然后运行脚本。
- 通常我只是通过电子邮件将脚本发送给我的合作伙伴。
- 他们将脚本保存到包含要分析/绘图的数据的文件夹中。
- 理想情况下，他们只需启动R，加载脚本，然后运行脚本。
脚本确定自己的位置，然后将其设置为工作目录。
脚本分析其所在目录中的数据。
脚本生成图形并将其保存到其所在目录中。

这个问题只涉及步骤2。只要我能完成这一步，其他一切都很顺利。最好有这样的东西：

setwd(FindThisScriptsLocation())

有人建议使用source(..., chdir = T)这行代码来解决问题（这里），但是它无法用于脚本引用自身，除非知道它自己的路径。

以下是一些相关问题：

.R脚本文件在哪里...（处理包）
如何让R识别您的工作目录...（设置默认工作目录）
Rscript：确定执行脚本的路径（一个脚本调用其他脚本；没有找到答案）

- Will Beason

2

请提供类似问题的链接，并告诉我们在这种情况下具体哪些方面不起作用。 - Joshua Ulrich

4

第一步中，用户是如何运行脚本的？这决定了如何将该信息传递给函数。 - Ricardo Saporta

1

相关链接：获取R脚本的路径，获取source文件的文件名和路径 - Joshua Ulrich

1

@HongOoi 我的同事们明确表示他们希望我来做这件事。目前，每次更改工作目录或位置时，我们都必须手动设置它。 - Will Beason

1

这似乎过于复杂了。为什么不直接发送一个工作区文件（通过 save.image 创建），其中包含他们可以调用的函数呢？只要 .RData 文件与 R 相关联，他们就可以在保存到任何目录后双击该文件，然后调用该函数。 - Joshua Ulrich

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5个回答

5

在“加载脚本”的过程中，您需要传递R脚本的名称和路径。我建议捕获这些信息，然后使用包装脚本来执行您的主要脚本。

选项1（通过编程）

这个包装函数将以需要执行的脚本的路径和文件名为参数。

FILE <- "~/Desktop/myFolder/InHere/myScript.R"

选项2（交互式）

在您的包装函数开头，让用户点击文件：

FILE <- file.choose()

然后：

DIR  <- dirname(FILE)

现在您已经拥有了您的目录/文件夹，您可以像平常一样传递DIR参数来执行您的脚本。

- Ricardo Saporta

3

嘿，我有一个可能的解决方案，需要一些额外的初始工作，但应该能够做到你需要的。

首先让你的R脚本接受一个参数，这个参数是脚本的位置。接下来，你只需要创建一个Bash/Batch（分别为Windows和Unix）：

1）获取它自己的目录

2）在目录中搜索一个R脚本（简单的*.R搜索）

3）使用步骤1中的目录调用R脚本。

然后，你只需将Bash和Batch脚本与你提供给客户的文件夹一起打包，并要求他们仅运行其环境下相关的脚本。

理论上，你只需要创建一次Bash/Batch脚本。

编辑：我已经创建了一个简单的Bash脚本来解决这个问题，请见下文。

#!/bin/bash

#Modify the search string to narrow the search
SEARCH_STRING="*.R"

#Get the current directory
DIR="$( cd "$( dirname "${BASH_SOURCE[0]}" )" && pwd )"
echo ${DIR}

#Get the name of the R script
R_SCRIPT=`find $DIR -name ${SEARCH_STRING} -type f -exec basename {} \;`
echo ${R_SCRIPT}

Rscript ${R_SCRIPT} ${DIR}

由于我对Windows Shell不是很熟悉，所以你需要自己完成这个任务 :P

你可以使用这个R脚本进行测试；

options(echo = FALSE) #So we don't get the script echo'd

arguments <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) #getting the arguments

working_directory <- arguments[1]

setwd(working_directory)

getwd() #print out to test

- Darragh.McL

1

我假设这是Windows。

根据Ricardo的建议：让客户端系统以这种方式设置，即如果双击脚本，则在脚本目录中启动R解释器。您还可以为此行为分配一个特殊扩展名（例如，用于“设置工作目录的R脚本”的.Rwd）。然后，您不需要在脚本内使用setwd()。

首先，以下命令行脚本可能会起作用（未经测试）：

pushd %~d1%~p1
R --vanilla < "%1"

将 .Rwd 文件与此脚本关联。

如果您需要 source() 其他脚本，请考虑使用 chdir=T 参数。

- krlmlr

我主要使用Windows，但根据项目需要也会使用Fedora。我为那些运行Windows和一些Linux发行版的人编写代码。你的答案肯定可行（我会学习如何做你所说的，听起来非常有用），但并不完全理想。 - Will Beason

4

可以将 %~d1%~p1 缩写为 %~dp1。 - Matthew Lundberg

-2

如果您正在使用RStudio，请将光标悬停在脚本上，路径将会出现。

- stevec

@stevec- 这个问题涉及批处理执行，而不是使用Rstudio GUI。 - DonJ

@DonJ 可能是对的，但我是在搜索如何在RStudio中查看R文件的位置时到达这里的，所以我猜其他人也会从同样的谷歌搜索中到达这里。因此，在这里包含这些信息是相当无害的。 - stevec

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- DonJ · Accepted Answer

我也遇到了同样的问题，这是我想出的解决方法。它可以在Windows和Linux上使用source()和rmarkdwon::render()。

更新：函数get_scriptpath()现在作为我的envDocument软件包的一部分可在CRAN上获得。请参见https://cran.r-project.org/package=envDocument

#' Get the path of the calling script
#' 
#' \code{get_scriptpath} returns the full path of the script that called this function (if any)
#' or NULL if path is not available
#' 
#' @examples 
#' mypath <- get_scriptpath()
#' @export
#' 
get_scriptpath <- function() {
  # location of script can depend on how it was invoked:
  # source() and knit() put it in sys.calls()
  path <- NULL

  if(!is.null(sys.calls())) {
    # get name of script - hope this is consisitent!
    path <- as.character(sys.call(1))[2] 
    # make sure we got a file that ends in .R, .Rmd or .Rnw
    if (grepl("..+\\.[R|Rmd|Rnw]", path, perl=TRUE, ignore.case = TRUE) )  {
      return(path)
    } else { 
      message("Obtained value for path does not end with .R, .Rmd or .Rnw: ", path)
    }
  } else{
    # Rscript and R -f put it in commandArgs
    args <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  }
  return(path)
}