在Rstudio中设置工作目录为源文件位置的R命令

Question

我正在学习R的一些教程，每个R代码都在特定文件夹中。这里有数据文件和其他文件。 我想打开.r文件并对其进行源引用，以便我不必像下面显示的那样更改Rstudio中的工作目录：

是否有一种方法可以自动指定我的工作目录在R中?

- Stat-R

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这可能是一个重复的问题。请参阅 ?setwd 和 ?getwd。 - Brandon Bertelsen

获取 R 脚本的路径：可以使用 commandArgs(trailingOnly = TRUE) 函数获取当前 R 脚本的路径，然后用 dirname() 函数提取出该文件所在的目录路径。例如，以下代码将输出当前 R 脚本的路径：r_script_path <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)[1] r_script_dir <- dirname(r_script_path) print(r_script_dir) - nico

不是重复问题，发帖者想要在同一文件夹中“加载” .rdata 文件，而不是使用工作目录设置为源文件路径的“源”文件。 - Ruben

为什么R让这件事情变得如此困难？ - Giacomo

Answer 1

要获取脚本被引用的位置，可以使用utils::getSrcDirectory或utils::getSrcFilename。这些函数需要一个函数作为输入。创建一个包含以下行的脚本，然后将其引用以查看它们的用法：

print(utils::getSrcDirectory(function(){}))
print(utils::getSrcFilename(function(){}, full.names = TRUE))

可以使用以下代码将当前工作目录更改为当前文件所在的目录：

setwd(getSrcDirectory(function(){})[1])

如果您在RStudio中运行代码而不是使用源代码，则此方法无效。 您需要使用rstudioapi :: getActiveDocumentContext。

setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))

当然，这个第二种解决方案需要您使用RStudio作为您的IDE。

- Richie Cotton

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请注意，在RStudio控制台中运行getActiveDocumentContext()时，路径报告为''。但是，如果在编辑器部分运行代码行，则会按预期执行。这可能可以解决@Andru的评论。 - Megatron

@giac_man，听起来你正在使用一个非常旧的rstudioapi包版本。尝试更新到最新版本。 - Richie Cotton

当我对文件进行源代码处理时，setwd(getSrcDirectory()[1]) 对我不起作用。使用 rstudioapi 解决方案可以解决问题。 - filups21

@mjs 在控制台的顶部，您应该看到当前工作目录。在其右侧有一个小箭头。单击它以在文件浏览器中显示当前工作目录。 - Richie Cotton

@filups21 @SimonChemnitz-Thomsen 注意，您可以使用以下技巧来获取脚本目录：使用utils::getSrcDirectory()。在脚本中要做的第一件事是定义一个虚拟函数，然后使用该函数作为参数调用utils::getSrcDirectory()。例如：dummy = function() {}; scriptdir = utils::getSrcDirectory(dummy); rm(dummy)。 - mastropi

Answer 2

我知道这个问题已经过时了，但我也在寻找解决方案，而且Google将其排在首位：

this.dir <- dirname(parent.frame(2)$ofile)
setwd(this.dir)

把它放到文件中的某个地方（尽管最好放在开头），这样wd就根据那个文件改变了。

根据评论，这种方法不一定适用于每个平台（似乎Windows可以，Linux/Mac则要看情况）。 请记住，此解决方案是用于'获取'文件，而不一定是用于运行该文件中的代码块。

另请参见获取'source'd文件的文件名和路径

- BumbleBee

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我也尝试了，但是没有成功：dirname(parent.frame(2)$ofile) 函数出错： 预期的是一个字符向量参数。Error in dirname(parent.frame(2)$ofile) : a character vector argument expected - tumultous_rooster

和 @Matt O'Brien 在 Linux 上遇到了同样的问题。 - patapouf_ai

如果有合适的来源，就能够完美运作。 - m-dz

在Windows 10上的RStudio v1.0.143中对我有效。如果选择“保存时源代码”，它将正常工作（您可以使用“cat”打印出检测到的目录）。如果选择行然后执行它们，那么结果为空。 - Contango

这对我在Mac上使用source文件时有效。然而，正如@Contango在上面指出的那样，当通过突出显示一个块并按Command + Return来交互式地执行代码时，它将无法工作。在这种情况下，由于您没有使用source文件，因此没有源文件可以从中提取工作目录。答案不需要指定特定于平台的注意事项。 - bmosov01

Answer 3

对于RStudio，您可以使用rstudioapi自动将工作目录设置为脚本所在的目录，方法如下：

library(rstudioapi)

# Getting the path of your current open file
current_path = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path 
setwd(dirname(current_path ))
print( getwd() )

当你运行或源代码文件时，这将起作用。

你需要首先安装rstudioapi包。 请注意，我打印路径以确保我在正确的位置，但这是可选的。

- gagarine

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setwd(dirname(current_path)) 出错：无法更改工作目录。 - tavalendo

@helmo，请检查您的用户是否对目标目录具有写入权限。 - gagarine

不幸的是，"rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path" 给我返回一个空字符串。 - Giacomo

Answer 4

dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

对我来说可以工作，但如果你不想使用rstudioapi并且没有在项目中，你可以在路径中使用符号~。符号~指的是默认的RStudio工作目录（至少在Windows上）。

如果你的RStudio工作目录是“D:/Documents”，setwd("~/proyect1")与setwd("D:/Documents/proyect1")相同。

一旦设置完成，您可以导航到子目录：read.csv("DATA/mydata.csv")与read.csv("D:/Documents/proyect1/DATA/mydata.csv")相同。

如果要导航到父文件夹，您可以使用"../"。例如：read.csv("../olddata/DATA/mydata.csv")与read.csv("D:/Documents/oldata/DATA/mydata.csv")相同。

这是我编写脚本的最佳方式，无论使用哪台计算机。

- Juan Pueyo

Answer 5

我知道这是一个旧的帖子，但我遇到了类似的问题，需要设置工作目录，但无法找到任何解决方案来解决我的问题。以下是我用到的方法，以防其他人在以后也会遇到同样的问题：

# SET WORKING DIRECTORY TO CURRENT DIRECTORY:
system("pwd=`pwd`; $pwd 2> dummyfile.txt")
dir <- fread("dummyfile.txt")
n<- colnames(dir)[2]
n2 <- substr(n, 1, nchar(n)-1)
setwd(n2)

虽然有点复杂，但基本上它使用系统命令获取工作目录并将其保存到dummyfile.txt中，然后R使用data.table :: fread读取该文件。 其余的只是清理打印到文件中的内容，以便我只剩下目录路径。

我需要在集群上运行R，因此无法知道我最终会在哪个目录中（作业分配一个数字和计算节点）。这对我很有用。

- Katie Renwick

Answer 6

这个答案可以帮助您：

script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)

注意：必须引用脚本才能返回正确的路径。

我在这里找到了它：https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200895567-can-user-obtain-the-path-of-current-Project-s-directory- BumbleBee的答案（使用parent.frame而不是sys.frame）对我没有用，我总是会收到错误提示。

- sietemonos

Answer 7

如果您正在使用Linux，可以尝试以下方法： setwd(system("pwd", intern = T) ) 这对我很有效。

- Taz

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这只是提供您的主目录（即您的shell启动位置）。 - Caner

它提供了运行脚本的目录路径。 - Taz

pwd代表当前工作目录。这将把目录设置为shell的当前目录。 - PeterVermont

pwd 在 PowerShell 中也可以使用（它目前被认为是 Windows 上的默认 shell），其中它是 Get-Location 的别名。 - BroVic

@PeterVermont 实际上它代表着打印工作目录。 - robertspierre

Answer 8

解决方案

dirname(parent.frame(2)$ofile)

对我没有用。

我正在使用暴力算法，但是有效：

File <- "filename"
Files <- list.files(path=file.path("~"),recursive=T,include.dirs=T)
Path.file <- names(unlist(sapply(Files,grep,pattern=File))[1])
Dir.wd <- dirname(Path.file)

在搜索目录时更加简便：

Dirname <- "subdir_name"
Dirs <- list.dirs(path=file.path("~"),recursive=T)
dir_wd <- names(unlist(sapply(Dirs,grep,pattern=Dirname))[1])

- namu.net

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这个解决方案的问题在于它非常慢。搜索所有文件并存储在变量中也会占用大量内存。 - tavalendo

Answer 9

here 包提供了 here() 函数，根据一些启发式方法返回您的项目根目录。

虽然它不能完美解决找到脚本位置的问题，但对于某些目的来说足以满足需求。因此我想在这里分享这个包。

- Will

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谢谢你的回答。可以通过在源代码中调用 here::set_here() 来获取当前脚本的位置。 - BroVic

在使用RStudio进行项目设置时，here::here()返回的是项目的工作目录，而不是脚本的位置。而this.path::here()则不受项目设置的影响，始终能够正确返回脚本的位置。 - undefined

Answer 10

setwd(this.path::here())

适用于引用的脚本和“活动”的脚本。

- giacomo

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我收到的错误信息是“在加载命名空间时出错：没有名为'this.path'的包” - 我缺少了什么？ - Giacomo

在你能够执行 install.packages("this.path") 命令之前，你需要先安装这个软件包。 - giacomo

太好了！谢谢你。 - Giacomo

我确认这个方法有效。它是所有答案中最简单的一个。 - undefined