在R中计算AUC比率

Question

我正在为一组物种生成生态位模型，并希望使用AUC作为生态位质量的度量指标。Steven Phillips是Maxent的开发者，在他的Maxent手册中提供了在R中计算AUC的代码。然而，我正在阅读报告部分AUC比率作为更强大和概念上合理的度量指标的论文。我认为我知道如何使用ROCR R包计算部分AUC，但是如何计算AUC比率呢？

以下是Phillips的教程脚本：

presence<-read.csv("bradypus_variegatus_samplePredictions.csv")
background<-read.csv("bradypus_variegatus_backgroundPredictions.csv")
pp<-presence$Logistic.prediction
testpp<-pp[presence$Test.or.train=="test"]
trainpp<-pp[presence$Test.or.train=="train"]
bb<-background$logistic

combined<-c(testpp,bb)
label<-c(rep(1,length(testpp)),rep(0,length(bb)))
pred<-prediction(combined,label)
perf<-performance(pred,"tpr","fpr")
plot(perf,colorize=TRUE)
performance(pred,"auc")@y.values[[1]] #RETURNS AUC

AUC<-function(p,ind){
    pres<-p[ind]
    combined<-c(pres,bb)
    label<-c(rep(1,length(pres)),rep(0,length(bb)))
    predic<-prediction(combined,label)
    return(performance(predic,'auc')@y.values[[1]])
}

b1<-boot(testpp,AUC,100) #RETURNS AUC WITH STANDARD ERROR
b1

任何建议或意见都将不胜感激！谢谢。

- Pascal

Answer 1

不了解您的数据集和应用程序的具体情况，

• 部分AUC：曲线下面积仅限于一部分。（通常选择它是因为它更健壮或者出于其他原因，就像您所说的那样）
• AUC比率：一个AUC相对于另一个AUC的比率。（通常是某种参考）

所以...

• 部分AUC比率：一个部分AUC相对于另一个部分AUC的比率。

- John Colby

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那么您的意思是，AUC比率并不真正是衡量一个特定模型质量的指标，而更多地是在比较几个模型输出与某些参数变化时使用的度量指标？ - Pascal

就我所知，這是普遍使用的正確詞語。然而，在您的領域中可能還有一些更具體的含義，我對生態位模型一無所知，因此在這方面無法提供幫助。不過，以下是我通常看到它如何使用的例子，希望對您有所幫助：http://www.drug-interactions.eu/eng/AUC.htm - John Colby

好的，你可能是对的。我想我可能误解了他们在我读的论文中用AUC比率展示的内容。感谢你的澄清！ - Pascal

Answer 2

ROCR包可以使用fpr.stop=参数计算部分AUC值。正如John所说，比率就是将此值除以参考模型的相同计算结果。

- Allan Engelhardt