使用bash脚本运行R命令

Question

我有以下命令用于在R中制作图形。主要的文本文件是cross_correlation.csv。

如何将它放入bash脚本中，以便当我在终端上启动它时，R命令会执行其工作并完成（就像所有其他shell脚本一样）。

cross_correlation <- read.table(file.choose(), header=F, sep="\t")

barplot(cross_correlation$V3)
dev.copy(png,"cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100)
dev.off()

hist(cross_correlation$V3, breaks=15, prob=T)
dev.copy(png,"hist_cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100)
dev.off()

- user2209882

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您IP地址为143.198.54.68，由于运营成本限制，当前对于免费用户的使用频率限制为每个IP每72小时10次对话，如需解除限制，请点击左下角设置图标按钮（手机用户先点击左上角菜单按钮）。 - Tim Biegeleisen

我正要建议使用 R CMD BATCH script.r，所以在我看来这是一个重复的问题。 - RHertel

最好有类似于“python -c'<commands>'”的等效功能，而无需先创建脚本。 - Soren

Answer 1

如果您已安装了R，那么您也应该安装了程序Rscript，它可以用于运行R脚本:

Rscript myscript.r

您可以将以下代码放入bash脚本中：

#!/bin/bash

Rscript myscript1.r
Rscript myscript2.r
# other bash commands

这通常是在bash脚本中运行R脚本的最简单方式。

如果您想将脚本设置为可执行文件，以便通过键入./myscript.r来运行它，则需要找出您的Rscript安装位置，方法是键入：

which Rscript
# /usr/bin/Rscript

那么您的myscript.r将看起来像这样。

#!/usr/bin/Rscript

cross_correlation <- read.table(file.choose(), header=F, sep="\t")

barplot(cross_correlation$V3)
dev.copy(png,"cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100)
dev.off()

hist(cross_correlation$V3, breaks=15, prob=T)

dev.copy(png,"hist_cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100)
dev.off()

这种方法在这个问题中有所解释，可能会给您一些启示。

- dwcoder

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你也可以使用[#!/usr/bin/env Rscript]作为Shebang行。（Shebang行通常是指在Unix和Linux系统中，用于指定脚本解释器的第一行命令。） - Nick Kennedy

获取到错误信息：/runr.sh 错误：在“ cross_correlation <- read.table(file.choose(), header=F, sep="\t") cross_correlation.csv”中出现了意外符号 执行已停止 ./runr.sh: 第12行附近有语法错误 ./runr.sh: 第12行：` cross_correlation <- read.table(file.choose(), header=F, sep="\t")' - user2209882

在 dwcoder 上出现错误 - 我的 'myscript.r' 文件如下： #!/usr/bin/Rscript cross_correlation <- read.table(file.choose(), header=F, sep="\t") cross_correlation.csv barplot(cross_correlation$V3) dev.copy(png,"cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100) dev.off()hist(cross_correlation$V3, breaks=15, prob=T)dev.copy(png,"hist_cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100) dev.off() - user2209882