从R脚本中运行一个bash脚本

Question

我有一个叫做samtools的程序，想要通过命令行使用它将一个文件转换为另一个文件。它的使用方式如下：

bash-4.2$ samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

我希望自动化这个过程，所以想使用R脚本进行自动化。我知道可以使用system()来运行操作系统命令，但是尝试后无法使其工作。

system(samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta)

是否只需使用正则表达式来去除空格等内容，使第二个参数system（command）可读？我该如何做到这一点？

编辑：

system（“samtools view filename.bam | awk'{OFS =\"\\t \";print \">\"$1\"\\n\"$10}' - > first_batch_1.fasta“） 错误：在” system（“samtools view filename.bam | awk '{OFS="\"

编辑2：

system（“samtools view filename.bam | awk'{OFS =\"\\t \";print \">\"$1\"\\n\"$10}' - > filename.fasta“）

awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ unterminated string
awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ syntax error
> 

编辑3：获胜者是：

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\\t\"; print \">\"$1\"\\n\"$10}' -> filename.fasta")

- cianius

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system()函数需要一个字符字符串作为参数，因此您需要将参数用引号括起来。 - Andrie

我已经尝试过了。如上所述的编辑。 - cianius

尝试运行以下命令：system("samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta")。你需要转义双引号，以便R可以读取整个命令，而不仅仅是在第一个双引号之间的命令部分。 - Mischa Vreeburg

EDIT2：显示您的建议不起作用。在awk正则表达式中转义所有引号会使其无法正常工作。 - cianius

你不应该也对反斜杠进行转义吗？ system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\\t\"; print \">\"$1\"\\n\"$10}' -> filename.fasta") - plannapus

你说你想要从命令行使用samtools，Andrie的回答似乎是正确的。或者，你可以使用两个samtools的包装器：rbamtools 或 Rsamtools。 - Paolo

Answer 1

调试方法是使用cat测试您的字符字符串是否已正确转义。所以:

1. 创建一个名为x的对象，其中包含您的字符串
2. 仔细转义所有特殊字符，例如引号和反斜杠
3. 使用cat(x)检查生成的字符串。

例如：

x <- 'samtools view filename.bam | awk \'{OFS="\\t"; print ">"$1"\\n"$10}\' - > filename.fasta'

cat(x)
samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

如果这个字符串是正确的，那么你应该可以使用。

system(x)

- Andrie

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是的，我需要学习如何自己调试。谢谢Andrie！ - cianius

@Andrie，我在"c:/test"文件夹中有一个名为test.sh的Bash脚本。我想在R代码中调用这个Bash脚本。我尝试使用system命令，但是出现了错误。亲爱的，你能帮我吗？ - Muhammad Usman Saleem