使用R Markdown在Cron作业中运行bash脚本

Question

我想尝试从运行为Cron作业的bash脚本中渲染R markdown文件中的html内容，但除了作为Cron作业运行时，一切都正常，我不知道原因。我的做法如下：

我的脚本是来自Rstudio的演示脚本。

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title: "test"
author: "sms"
date: "24 maja 2015"
output: html_document
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This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r}
summary(cars)
```
etc.

这个脚本在Rstudio中没有问题。

接下来，我尝试从终端运行一个Rmd脚本：

Rscript -e "require( 'rmarkdown' ); render('/home/sms/Dokumenty/R/test.Rmd', 'html_document')"

没有任何问题。它可以正常工作。

因此，我创建了Bash脚本。

#!/bin/bash

Rscript -e“require（'rmarkdown'）; render（'/home/sms/Dokumenty/R/test.Rmd'，'html_document'）”

并且更改了chmod 755 test.sh

同样可以完美运行。

但是当放入Cron文件中（管理员和用户），就会出现问题：

28 18 * * * sh /home/sms/Dokumenty/R/test.sh

它不起作用

有什么想法我做错了什么吗？

- sms

Answer 1

我也曾遇到同样的问题。问题是因为我以root身份运行了R脚本，但是R脚本应该以当前用户souza身份运行。为了解决这个问题，我编辑了用户souza的crontab "sudo crontab -u souza -e"，现在R脚本已经以souza身份而不是root身份运行，问题得到了解决。

- Cleosson

Answer 2

我有同样的问题。

但是如果尝试使用knitr::knit2html而不是rmarkdown::render，它会起作用。

不知道原因。

- DH_35

Answer 3

简化，简化，再简化。

首先，我会将其制作成一个R脚本，可能称为renderTest.R。

#!/usr/bin/Rscript
library(rmarkdown)
setwd("/home/sms/Dokuments/R")
render("test.Rmd")   # I usually use default arguments

第二步，使脚本可执行（chmod 0755 renderTest.R）。

第三步，测试脚本。如果您可以像您一样运行它，则作为您运行的cron作业也应该能够运行。

第四步，将以您身份运行的cron作业添加为具有相同权限的作业。 编辑：我刚刚从您那里复制并修正了一个拼写错误：Documents/而不是Documenty/。

- Dirk Eddelbuettel

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Dirk，谢谢你，当我运行你的脚本时仍然存在问题 test.sh: 3: test.sh: 语法错误：意外的单词（期望“)”） - sms

如果有帮助的话，请考虑"接受"（点击勾号）和/或"点赞"（点击向上三角形），这在 Stack Overflow 上很常见。 - Dirk Eddelbuettel

它在终端中可以运行，但是当我写下整个脚本路径时，即使我在正确的目录中 /home/sms/Dokumenty/R/test.sh哦，好的。我明白了。你的脚本是一个R脚本。 - sms

简化，简化，再简化。找出哪些命令有效，哪些无效。将注释添加到它们工作的地方，然后再添加其他内容。调试。 - Dirk Eddelbuettel

我做了一切：Rscript /home/sms/Dokumenty/R/renderTest.R，它在终端中可以工作，但是相同的命令作为cronjob时不起作用。 - sms