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使用Pandas从另一个数据框中获取信息来过滤数据框

pythonpandasfilter
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我有一个如下所示的数据框。

df = pd.DataFrame(columns=['Chromosome', 'Start','End'],
     data=[
           ['chr1', 2000, 3000],
           ['chr1', 500, 1500],
           ['chr3', 3000, 4000],
           ['chr5', 4000, 5000],
           ['chr17', 9000, 10000],
           ['chr19', 1500, 2500]
           ])

我有一个如下的探针数据框。 

probes = pd.DataFrame(columns=['Probe', 'Chrom','Position'],
     data=[
           ['CG999', 'chr1', 2500],
           ['CG000', 'chr19, 2000],
           ])

我希望筛选包含探针染色体且探针位置在其起始和结束数字之间的df行，然后将探针名称添加到df的新列/字段中。期望输出如下：
    Probe    Chrom    Start    End
0   CG999    chr1     2000     3000
5   CG000    chr19    1500     2500

我下面的尝试可以工作，但是不能将探针名称放入探针列中，并且依赖于循环探针数据。一定有更有效率的方法来完成这个任务。
all_indexes = []

# fake2.tsv is the aforementioned probes dataframe
with open('fake2.tsv') as f:
    for x in f:
        probe, chrom, pos = x.rstrip("\n").split("\t")
        row = df[(df['Chromosome'] == chrom) & ((int(pos) > df['Start']) & (int(pos) < df['End']))]
        all_indexes.append(t.index.tolist())

all_t = [y for x in all_t for y in x]
df.iloc[all_indexes]
2个回答
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你可以尝试这样做：
df.merge(probes, left_on='Chromosome', right_on='Chrom').query('Start < Position < End')

输出：

  Chromosome  Start   End  Probe  Chrom  Position
0       chr1   2000  3000  CG999   chr1      2500
2      chr19   1500  2500  CG000  chr19      2000
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