如何正确使用Rcpp::pt()函数

Question

我正在阅读《Seamless R and C++ Integration with Rcpp》的第四章，遇到了一个小问题。

在 "列表 4.13" 中，这本书给出了一个关于如何使用 R 函数的例子。我尝试使用其他函数（不同于示例），并且取得了成功。我的代码在这里：

#include <Rcpp.h>

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::DataFrame myrandom(Rcpp::NumericVector x) {
  int n = x.size();
  Rcpp::NumericVector y1(n), y2(n), y3(n);

  y1 = Rcpp::pexp(x,1.0,1,0);
  y2 = Rcpp::pnorm(x,0.0,1.0,1,0);
  y3 = Rcpp::ppois(x,3.0,1,0);

  return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("Exp") = y1,Rcpp::Named("Norm") = y2, Rcpp::Named("Pois") = y3);
}


sourceCpp("random.cpp")
myrandom(c(0.5,1))

在这种情况下是可以的，但是当我尝试使用Rcpp::pt时，我没有成功。我的代码在这里。

#include <Rcpp.h>

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::DataFrame myrandom2(Rcpp::NumericVector x) {
  int n = x.size();
  Rcpp::NumericVector y1(n);

  y1 = Rcpp::pt(x,3.0,0,1,0);

  return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("T") = y1);
}

sourceCpp("random2.cpp")
myrandom2(c(0.5,1))

/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/stats/nt.h: In function ‘Rcpp::stats::P2<RTYPE, NA, T> Rcpp::pt(const Rcpp::VectorBase<RTYPE, NA, VECTOR>&, double, double, bool, bool) [with int RTYPE = 14, bool NA = true, T = Rcpp::Vector<14>]’:
random2.cpp:8:   instantiated from here
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/stats/nt.h:25: error: invalid conversion from ‘double (*)(double, double, int, int)’ to ‘double (*)(double, double, double, int, int)’
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/stats/nt.h:25: error:   initializing argument 1 of ‘Rcpp::stats::P2<RTYPE, NA, T>::P2(double (*)(double, double, double, int, int), const Rcpp::VectorBase<RTYPE, NA, VECTOR>&, double, double, bool, bool) [with int RTYPE = 14, bool NA = true, T = Rcpp::Vector<14>]’
make: *** [random2.o] Error 1
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include  -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/Rcpp/include"    -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c random2.cpp -o random2.o 

当我使用Rcpp::pt(x,3)时，我希望能够控制函数的参数。

pt(q, df, ncp, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE)

我觉得我没有正确使用这个函数，但我不知道哪里出了问题。

- carlos1985

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Answer 1

C++编译器的错误信息不是很好吗？ ;-)

我认为你刚刚帮助解决了一个很老的bug。对于t和F，R实际上有两个函数组(r|p|q|d)t和(r|p|q|d)nt(对f和nf也是如此)，其中第二种形式允许使用非中心性参数。而我认为nt.h的标头是错误的。

如果您在include/Rcpp/stats/nt.h文件中进行此更改

@@ -22,7 +22,7 @@
 #ifndef Rcpp__stats__nt_h
 #define Rcpp__stats__nt_h

-RCPP_DPQ_2(t,::Rf_dt,::Rf_pt,::Rf_qt)
+RCPP_DPQ_2(nt,::Rf_dnt,::Rf_pnt,::Rf_qnt)

 #endif

（您只需在标题中进行编辑，无需重新安装）然后事情似乎就可以工作：

#include <Rcpp.h>

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::DataFrame myrandom(Rcpp::NumericVector x) {
  Rcpp::NumericVector y1, y2, y3, y4, y5, y6, y7, y8;

  y1 = Rcpp::pexp(x,1.0,1,0);
  y2 = Rcpp::pnorm(x,0.0,1.0,1,0);
  y3 = Rcpp::ppois(x,3.0,1,0);
  y4 = Rcpp::pt(x,3.0,1,0);
  y5 = Rcpp::pnt(x,3.0,2,TRUE,FALSE);
  y6 = Rcpp::pnt(x,3.0,2,TRUE,TRUE);
  y7 = Rcpp::pnt(x,3.0,2,FALSE,TRUE);
  y8 = Rcpp::pnt(x,3.0,2,FALSE,FALSE);

  return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("Exp") = y1,
                                 Rcpp::Named("Norm") = y2, 
                                 Rcpp::Named("Pois") = y3,
                                 Rcpp::Named("t") = y4,
                                 Rcpp::Named("nt1") = y5,
                                 Rcpp::Named("nt2") = y6,
                                 Rcpp::Named("nt3") = y7,
                                 Rcpp::Named("nt4") = y8);
}

我仍然需要将数字与R进行比较，但至少现在它可以构建。（TRUE/FALSE与1/0无关紧要；这会被正确转换）。

编辑：这里是一些输出：

> sourceCpp("/tmp/so1.cpp")  
R> myrandom(seq(0.2, 0.5, by=0.1))  
       Exp     Norm      Pois        t       nt1      nt2        nt3      nt4   
1 0.181269 0.579260 0.0497871 0.572865 0.0351335 -3.34860 -0.0357655 0.964866   
2 0.259182 0.617911 0.0497871 0.608118 0.0434710 -3.13566 -0.0444441 0.956529  
3 0.329680 0.655422 0.0497871 0.642032 0.0535219 -2.92767 -0.0550074 0.946478  
4 0.393469 0.691462 0.0497871 0.674276 0.0654790 -2.72603 -0.0677212 0.934521   
R>   

- Dirk Eddelbuettel

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这就是不经过测试的代价。如果有任何人想以系统化的方式解决https://github.com/RcppCore/Rcpp/issues/29，他们将受到热烈欢迎。 - Romain Francois

实际上，这个测试已经存在了好几年，但是是错误的。我们两个都在那个问题上犯了错。话虽如此，额外的测试确实会受到欢迎。 - Dirk Eddelbuettel

Answer 2

似乎学生t分布没有非中心参数ncp; 来自 Rmath.h:

/* Student t Distibution */
inline double dt(double x, double n, int lg) { return ::Rf_dt(x, n, lg); }
inline double pt(double x, double n, int lt, int lg) { return ::Rf_pt(x, n, lt, lg); }
inline double qt(double p, double n, int lt, int lg) { return ::Rf_qt(p, n, lt, lg); }
inline double rt(double n) { return ::Rf_rt(n); }

我可以在以下更改的情况下编译和执行你的代码：

#include <Rcpp.h>

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::DataFrame myrandom2(Rcpp::NumericVector x) {
  int n = x.size();
  Rcpp::NumericVector y1(n);

  y1 = Rcpp::pt(x, 3.0, false, true);

  return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("T") = y1);
}

- rcs

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不错的回答，@rcs，但是它绕过了如何使用添加的“ncp”参数来完成此操作的实际问题。我们在那里有一个错误，我之前提交了一个修复程序，并将在今晚提交一些更多的单元测试。 - Dirk Eddelbuettel