Rcpp：如何从Rcpp包中调用C函数

Question

我想使用Rcpp编写一个C++函数，该函数使用包“hypred”中的C函数。该包可以在CRAN这里找到。

我阅读了在Rcpp中使用其他包中的C函数，但不确定是否适用于我的情况，如果适用，则该怎么做。

所需函数位于源文件/src/hypredRoutines.c中，名称为meiosisFUNAllChr。

基于此SO问题，我所做的是：

1. I separated the function meiosisFUNAllChr from the rest of the code and placed it in a new file called meiosisFUNAllChr.c.

2. I created a header file called meiosisFUNAllChr.h containing:

   #ifndef MEIOSISFUNALLCHR_H
   #define MEIOSISFUNALLCHR_H
   void meiosisFUNallChr (...);
   #endif 
   

3. Compiled it with

   gcc -c -o meiosisFUNAllChr.o meiosisFUNAllChr.c
   

4. Created a dummy c++ function

   #include <Rcpp.h>
   using namespace Rcpp;
   
   extern "C" {
    #include "meiosisFUNallChr.h"
   }
   
   // [[Rcpp::export]]
   int timesTwo(int x) {
    return x * 2;
   }
   

目前，使用sourceCpp编译不起作用。你能告诉我如何让它工作吗？

非常感谢！

编辑

使用sourceCpp编译会出现以下错误：

meiosisFUNallChr.h: file or directory not found

- NoBackingDown

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我知道这些设施并且已经使用过它们，但我不知道这将如何帮助我使C函数在我的代码中正常工作 :-) - NoBackingDown

你尝试过使用 sourceCpp 吗？ - Dominic Comtois

好的...当你说它不起作用时，你得到了什么？一个错误消息？还是这个函数根本不可用？ - Dominic Comtois

@DominicComtois 我已在编辑中包含了它。 - NoBackingDown

@DominicComtois 我正在引用 .cpp 文件。 - NoBackingDown

Answer 1

hypred注册了两个函数，你可以在R级别获取你想要的函数，例如：

xp <- getDLLRegisteredRoutines( getLoadedDLLs()[["hypred"]] )[[".C"]][["meiosisFUNallChr"]]$address

我相信你可以像这样在C++中访问函数指针：

DL_FUNC meiosisFUNallChr = reinterpret_cast<DL_FUNC>( R_ExternalPtrAddr(xp) ) ;

但是如果你能说服软件包的作者，实现这个方案，那么直接调用C函数可能会更好。

- Romain Francois

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关于注册方案的+1 -- 在Rcpp宇宙中有一些包可以做到这一点。 我最简单的可能是RApiSerialize。@romain：getDLLRegisteredRoutine（...）方法是否被CRAN“祝福”（或至少被容忍），即您是否在mlxR中使用了它？ - Dirk Eddelbuettel

我不知道。但我认为应该没有问题，因为我只调用了允许的 R 函数 getDLLRegisteredRoutines 和 getLoadedDLLs ... mlxR 是完全不同类型的东西。 - Romain Francois

是的，这是一只完全不同的鸟——不是R控制下的库。你所做的事情是否有可推广性？我们在Rblpapi中可能会遇到类似的问题。 - Dirk Eddelbuettel

我们使用的可能不太适合分发。实际上，几乎没有任何代码或示例直接引用底层的C++库。用户应该先安装一些软件，然后mlxR在运行时从该软件编译一个R包，因此CRAN不需要知道该软件的存在... - Romain Francois

Answer 2

简而言之：

• 您想使用另一个源文件（可能在适当的许可下可用）。

• 您想从您的新文件中调用它。

• 所以您已经有了两个文件。

现在警报应该响起来，因为您真的非常想创建一个包。

Rcpp文档在许多地方详细介绍了这一点。CRAN上有340多个使用Rcpp的软件包，其中许多都涉及到调用C文件的问题。选择一两个，研究它们的结构；还可以选择由完全记录的Rcpp工具创建的一个或两个软件包，例如Rcpp.package.skeleton()，这样就会变得更加清晰。

编辑：显然，只有在其他软件包没有导出其函数时才需要采取此方法。如果您可以让作者导出，那么请按照Romain的答案进行操作。导出/使用的软件包对有zoo/xts、xts/RcppXts、expm/RcppKalman（不在CRAN上）、RApiSerialize/RcppRedis等。

- Dirk Eddelbuettel

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谢谢Dirk，我会按照你的建议去做。 - NoBackingDown