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吉卜像素图像的自描述文件格式？

imagetifftiles
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在医学成像中，似乎有两种存储巨大千兆像素图像的方式：

  1. 使用大量JPEG图像（打包到文件中或单独使用），并创建一些奇怪的索引格式来描述哪个图像放在哪里。在其他格式中添加一些元数据。

  2. 使用TIFF的平铺和多图像支持将图像干净地存储为单个文件，并提供缩小版本以实现缩放速度。然后滥用各种TIFF标签以非标准方式存储元数据。此外，存储具有重叠边界的平铺，后续必须单独进行转换。

在这两种情况下，读者必须足够了解格式，以了解如何绘制事物并读取元数据。

是否有更好的方法来存储这些图像？TIFF（或BigTIFF）仍然是适合此类应用的正确格式吗？XMP是否解决了元数据的问题？

主要问题是：

  • 以一种允许快速随机访问的方式存储图像（平铺）
  • 存储降采样的图像以便快速缩放（金字塔）
  • 处理瓦片重叠或稀疏的情况（扫描仪通常通过在二维平面上移动相机并仅捕获需要成像的区域来工作）
  • 存储重要元数据，包括与幻灯片相关的图像，如标签和缩略图
  • 支持有损存储

人们使用哪些（希望是非专有的）格式来存储大型航空照片或地图？这些图像具有类似的属性。

6个回答
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您可能需要使用FITS格式。

  • 任意大小
  • 1--3维数据
  • 详细的头文件信息
  • 被广泛应用于天文学，并得到了NASA和IAU的认可
FITS支持有损压缩吗？ - Adam Goode
我不记得了，但它基本上是一个带注释的容器格式，因此您可以在其中存储任何内容。 - dmckee --- ex-moderator kitten
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我是一名病理学家（也是业余程序员），因此虚拟切片和数字病理学是我极感兴趣的领域。你可能会对OpenSlide 项目感兴趣。他们已经对几个大型供应商（Aperio、BioImagene等）的专有格式进行了表征。大多数似乎由金字塔形缩放（当然，在不同的显微镜目标下扫描），包含多个平铺的 tiff 文件或压缩（JPEG 或 JPEG2000）图像组成。
好的，那么：）如果我将它用于某些有用的事情，我会试着让你的项目知道的。我主要是直接通过libtiff和vips处理Aperio .svs文件。我将它们分解成适用于Google地图的z-x-y.png/jpg，并存储在类似这样的文件系统中：http://informatics.med.nyu.edu/virtualmicroscope/viewer/124（尽管我与他们没有关联）。 - DrBloodmoney
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是的，那个NYU的东西看起来很酷。vips非常好用，尽管它无法处理大多数奇怪的格式。 - Adam Goode
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行业标准是 DICOM Sup 145；但让供应商采用它的速度缓慢，再发明另一种格式可能也不会有所帮助。
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PNG 可能适合你。它可以处理大图像、元数据，而且 PNG 格式可以有一些交错(interlacing)，因此你可以很容易地得到一个 n/8 x n/8 的下采样图像。

我不确定 PNG 能否进行快速随机访问。它是分块的，但可能不足够。

你可以使用透明通道来表示稀疏数据。

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JPEG2000值得关注，在这个领域，一些国家图书馆做出了一些有趣的努力。
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