如何将DICOM文件的标题数据存储在pandas数据框中？

Question

我正在尝试使用Python中的pydicom读取DICOM文件，并希望将标头数据存储到pandas dataframe中。为此，我该如何提取数据元素的值？

到目前为止，我已经创建了一个dataframe，其中列是DICOM文件中的标签名称。我已经访问了数据元素，但我只需要存储数据元素的值，而不是整个序列。为此，我将序列转换为字符串并尝试拆分它。但由于不同标签的长度不同，它也无法工作。

refDs = dicom.dcmread('000000.dcm')
    info_header = refDs.dir()

    df = pd.DataFrame(columns = info_header)
    print(df)

    info_data = []
    for i in info_header:
        if (i in refDs):
            info_data.append(str(refDs.data_element(i)).split(" ")[0])

    print (info_data[0],len(info_data))

我将数据元素序列元素放入列表中，因为我无法直接将其放入数据框中。上述代码的输出为

(0008, 0050) Accession Number                    SH: '1091888302507299' 89

但我只想存储引号内的数据。

- Ashutosh Kumar

Answer 1

这对我有效：

import pydicom as dicom
import pandas as pd

ds = dicom.read_file('path_to_file')
df = pd.DataFrame(ds.values())
df[0] = df[0].apply(lambda x: dicom.dataelem.DataElement_from_raw(x) if isinstance(x, dicom.dataelem.RawDataElement) else x)
df['name'] = df[0].apply(lambda x: x.name)
df['value'] = df[0].apply(lambda x: x.value)
df = df[['name', 'value']]

最终，您可以转置它：

df = df.set_index('name').T.reset_index(drop=True)

如果您需要嵌套字段，那么需要更多的工作。

- gil-c

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如何将标签[(0002, 0000)，(0002, 0001)等]导出到CSV文件中？ - TTZ