零膨胀负二项分布 - 未找到“model_count”对象

Question

我正在建立一个中介的零膨胀负二项（ZINB）模型。我按照O'Rourke和Vazquez（2019）的步骤进行操作-->https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0306460319301078 几天前，我在运行一个不同的ZINB模型，运行得非常好。然而，今天我编写了一个不同的模型，变量相同，但是它不再运行，并显示了一个奇怪的错误。当我尝试运行以前的模型时，我突然收到同样的错误信息，即：

Error in zeroinfl(Y1 ~ X1 + M1 | X1 +  : object 'model_count' not found

我的剩余代码：

#loading required packages
library(psych)
library(foreign)
library(ggplot2)
library(MASS)
library(pscl)
library(nonnest2)
library(lmtest)
library(boot)

#Import data
mydata

#Fit a ZINB model
ex1zinb <- zeroinfl(X1 ~ Y1 + M1 | Y1 + M1, data = mydata, dist="negbin", EM= TRUE)

我已经检查了统计分析的假设等内容，尤其奇怪的是类似的模型几天前还能运行，现在却不能了。我今天尝试安装了几个软件包，但是遇到了非零退出状态的问题。根据stackoverflow上的一些评论，我通过添加dependencies=TRUE来安装一个包，但是它卡住了。之后就开始出现问题了。也许我的软件包有问题？

加载库时，我收到以下消息：

> library(psych)
> library(foreign)
> library(ggplot2)
Need help? Try Stackoverflow: https://stackoverflow.com/tags/ggplot2

Attaching package: ‘ggplot2’

The following objects are masked from ‘package:psych’:

    %+%, alpha

> library(MASS)
> library(pscl)
Classes and Methods for R developed in the
Political Science Computational Laboratory
Department of Political Science
Stanford University
Simon Jackman
hurdle and zeroinfl functions by Achim Zeileis
> library(nonnest2)
This is nonnest2 0.5-3.
nonnest2 has not been tested with all combinations of model classes.
> library(lmtest)
Loading required package: zoo

Attaching package: ‘zoo’

The following objects are masked from ‘package:base’:

    as.Date, as.Date.numeric

> library(boot)

Attaching package: ‘boot’

The following object is masked from ‘package:psych’:

    logit

有人有建议或见解吗？ 先行致谢！

编辑：当运行一个非零膨胀负二项式模型时，我可以获得正常输出。下面的代码顺利运行：

summary(ex1nb <- glm.nb(Y1~ X1 + M1, data = mydata))

我认为我的数据没问题了吗？

- Principia

---

由于pscl无法收敛并且在处理简单的直接关系时运行了很长时间，我不得不更新版本。我现在正在运行R 4.0、最新的PSCL和最新的R-Studio，但仍然遇到错误。有人有建议吗？ - Principia

我可以确认是pscl的更新导致了错误。我有两个环境，一个是旧版本。相同的数据可以正常运行并得到预期值，在新环境中，我必须重新加载pscl并出现了错误。我不确定这是在pscl本身还是依赖关系中。 - davidkunio

感谢您的回复。我已经在Github页面上报告了一个问题。 - Principia

尝试在函数参数中设置“EM = false”。 - user553480

@user553480，当我遇到同样的问题时，将“EM = false”设置为正确的值。在当前文档（https://www.rdocumentation.org/packages/pscl/versions/1.5.5/topics/zeroinfl）中似乎没有这个参数。 我假设有些人正在使用与我相同的UCLA指南进行零膨胀负二项式回归（https://stats.idre.ucla.edu/r/dae/zinb/），其中包括此参数的示例模型。 - Abe

Answer 1

我也遇到了这个错误。我尝试使用 R 4.0 和 R 3.6，但没有成功。

当我移除 EM = TRUE 参数时，我成功地解决了这个错误。

我不确定这是否有所帮助。

- Micajah

Answer 2

本文作者O'Rourke - 这是由于pscl包更新，他们更改了EM语句的位置。我们已经更新了论文中的代码，从每个相关部分删除了"EM=TRUE"语句，并正在将其放在github上，以便我们可以根据任何其他包的更改进行灵活更新。如果您对代码有其他问题，请随时联系我们。

- Holly