snakemake执行job的条件是什么？

Question

snakemake执行job的条件是什么？

3

我想知道Snakemake决定需要执行作业的所有必要标准，但我在官方文档中找不到这些标准。我找到的最好的来源来自Snakemake的作者在2016年的幻灯片中所述：

A job is executed if and only if

- output file is target and does not exist
- output file needed by another executed job and does not exist
- input file newer than output file
- input file will be updated by other job
- execution is enforced

然而，自那时起他似乎已经停止使用那张幻灯片，这让我想知道上述标准是否已经改变。

- Manavalan Gajapathy

1个回答

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- Dmitry Kuzminov · Accepted Answer

该文档页面有一个链接，指向2019年的幻灯片：https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/tutorial.html。在幻灯片的第26页上，您可以看到相同的一组规则：https://slides.com/johanneskoester/snakemake-tutorial#/25：

Job execution
A job is executed if and only if

- output file is target and does not exist
- output file needed by another executed job and does not exist
- input file newer than output file
- input file will be updated by other job
- execution is enforced

determined via breadth-first-search on DAG of jobs

我猜自2019年以来这些规则并没有改变，特别是考虑到这个演示文稿是从官方教程页面引用的。