Snakemake 根据配置文件执行规则。

Question

我希望能编写一个工作流程，以便在 config.json 文件中选择要运行的可选规则。例如，如果我有一个包含 2 个规则 rule_a 和 rule_b 的 Snakefile，它们都有相同的输入但不同的输出：

rule_a:
  input: input.txt
  output: out_a.txt
  run: ...

rule_b:
  input: input.txt
  output: out_b.txt
  run: ...

我在json文件中有以下配置:

{
"run_a": "T",
"run_b": "F"
}

如何编写Snakefile，以便在这种情况下仅运行rule_a而忽略rule_b？

- user9367574

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你可以使第一条规则的输入依赖于配置中的变量。 - tsnorri

Answer 1

作为Python可以在SnakeMake脚本中使用，因此您可以使用Python代码来识别需要创建哪些文件。

配置文件config.json:

{
    "run_a": true,
    "run_b": false
}

Snakefile:

configfile: "config.json"

if config['run_a']:
    target = 'out_a.txt'
elif config['run_b']:
    target = 'out_b.txt'


rule all:
    input:
        target

rule a:
  input: 'input.txt'
  output: 'out_a.txt'
  shell:
    "touch {output}"

rule b:
  input: 'input.txt'
  output: 'out_b.txt'
  shell:
    "touch {output}"

- Manavalan Gajapathy