我想在 R 中创建 2 个具有可变值的热图。我希望颜色和值被缩放，以便两个热图的值可以进行比较。目前我正在使用 gplot 包中的 heatmap.2。
MyHeatMap <- heatmap.2(MyData, trace="none", col=greenred)
我的数据以数字矩阵的形式存在。我有两个这样的矩阵，其中数值范围略有不同，我想为两个矩阵创建优质的热图（不一定要使用示例包）。
在R中创建可比较的热力图
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- user2165857
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请定义您所说的“质量”，并澄清是否希望在这些热图中，两个矩阵中相同的数值应该产生相同的颜色。 - IRTFM
@DWin：我尝试了一些其他的热图函数，使用了其他的包，比如made4，其中数据都是自动缩放的，但是生成的热图颜色变化不大（似乎主要是单调的绿色和红色）。我希望在两个热图中，相同的数值在颜色上能够保持一致。 - user2165857
我没有安装gplots，但也许这里展示的策略会有所帮助。链接 - Josh O'Brien
1个回答
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我在自己的分析中多次遇到了这个问题，以下是我建议如何处理它的方法。
首先，将你的绿红色变量设置为256种颜色，即greenred(256)。
然后，创建一个break变量，其中包含你想要将这256种颜色分成的数字范围，用于两个热图（长度将比颜色向量的长度多一个）。例如，如果你想要从绿色到红色的传播范围为-1到1，你可以这样做：
pairs.breaks = seq(from=-1,to=1,length.out=257)
然后，在调用您的热度图时，使用
MyHeatMap1 <- heatmap.2(MyData1, trace="none", col=greenred(256), breaks=pairs.breaks)
MyHeatMap2 <- heatmap.2(MyData2, trace="none", col=greenred(256), breaks=pairs.breaks)
这应该会生成两个热图，使用相同的颜色比例尺但具有不同的数据集。
希望这可以帮到您！
Ron
- proteogenomics
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美观简单的解决方案！ - Herman Toothrot
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