如何在Ubuntu上安装R包“RNetCDF”和“ncdf”？

Question

我希望在Ubuntu系统中使用R软件包RNetCDF和ncdf。

当我尝试执行install.packages('RNetCDF')或install.packages('ncdf')时，会出现类似的错误：

...
ncdf.c:3:20: fatal error: netcdf.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [ncdf.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘ncdf’
...
Warning message:
In install.packages("ncdf") :
  installation of package ‘ncdf’ had non-zero exit status

已经从Ubuntu软件仓库安装了libnetcdf6和netcdf-bin包。我还需要做其他的事情吗？

- Abe

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要编译软件包，需要安装这些软件包的“-dev”版本以获取必需的头文件。 - Justin

@Justin 谢谢。ncdf所需的唯一附加软件包是libnetcdf-dev。 - Abe

对于 RNetCDF，还需要安装 udunits-bin 和 libudunits2-dev。 - Abe

Answer 1

你需要安装这些软件包的 -dev 版本以获取编译该软件包所需的头文件。在此情况下，你需要安装 libnetcdf-dev、udunits-bin 和 libudunits2-dev。

- Justin

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为了安装ncdf4包（ncdf包的更新版本），我还需要运行sudo apt-get install netcdf-bin。 - avianattackarmada

有人知道为什么这仍然是必要的吗？自从这个答案发布已经7年了，但它仍需要某种永久性的修复。 - julianhatwell

Answer 2

在我的情况下，需要安装libudunits2-dev包。

sudo apt-get install libudunits2-dev

由于我是从源代码安装NetCDF的，所以必须手动指定lib和include文件夹的位置。

install.packages("/home/user/Downloads/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz", 
repos = NULL,
type="source",
dependencies=FALSE,
configure.args="--with-netcdf-include=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/include --with-netcdf-lib=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/lib")

- Sadiq Huq

Answer 3

仅为澄清，由于您最初的问题在R中，而修复是在R之外应用的。我最初尝试执行

install.packages("libnetcdf-dev")，但没有成功。

相反，在R之外执行：sudo apt-get install libnetcdf-dev
这对我有用。

- AtomicTech

Answer 4

在Ubuntu 20.04 LTS中，可以使用bash命令sudo apt install r-cran-ncdf4安装ncdf4包（取代ncdf），包括所有依赖项。同样地，对于RNetCDF，您可以使用sudo apt install r-cran-rnetcdf。

- climatestudent

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谢谢，非常有用，解决了我安装RNetCDF的问题。 - undefined