在Ubuntu 18.04上安装R包Boom 0.9失败

Question

在Ubuntu 18.04上安装R包Boom 0.9失败

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我无法在Ubuntu 18.04上安装Boom 0.9，但是可以顺利安装Boom 0.8。然而，我们需要0.9版本作为CausalImpact的前置依赖。

g++: internal compiler error: Killed (program cc1plus)
Please submit a full bug report,
with preprocessed source if appropriate.
See <file:///usr/share/doc/gcc-7/README.Bugs> for instructions.
/usr/lib/R/etc/Makeconf:176: recipe for target 'Models/Glm/PosteriorSamplers/fill_poisson_mixture_approximation_table_2.o' failed
make[1]: *** [Models/Glm/PosteriorSamplers/fill_poisson_mixture_approximation_table_2.o] Error 4
make[1]: *** Waiting for unfinished jobs....
make[1]: Leaving directory '/tmp/RtmpKl6J7B/R.INSTALL90e7ca998b2/Boom/src'
ERROR: compilation failed for package 'Boom'
* removing '/usr/local/lib/R/site-library/Boom'

The downloaded source packages are in
 '/tmp/RtmpIk7UFT/downloaded_packages'
Warning message:
In install.packages("Boom") : installation of one or more packages failed,
  probably 'Boom'

我确保安装的build-essential是最新的版本（也尝试了g++-8）。

- kstorer

你有多少内存？ - duckmayr

这是 Docker 构建的一部分，正在运行于一个 TeamCity 构建代理中，该代理有可用的 25GB 内存（总共为 32GB）。 - kstorer

啊，没事了。我之前在内存较低的系统上遇到过这个问题，比如 https://github.com/tidyverse/dplyr/issues/2473 ，但我猜你的情况不是这个原因。 - duckmayr

3个回答

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- Steffen Moritz · Answer 1

请查看：https://cran.r-project.org/web/checks/check_results_Boom.html

检查页面显示“GNU make”是未声明的SystemRequirement。

版本：0.9.1 检查：Makefile中的GNU扩展结果：注意 GNU make是一个SystemRequirements。

由于您的安装过程似乎也在make[1]处失败，因此检查是否安装了GNU make可能是有意义的。

- Steven Scott · Answer 2

我想你们组织中的其他人可能已经联系过我了。我们正在进行中间调试。

Boom是一个庞大的软件包，在构建时可能会超时。首先要检查的是您是否能够使用多个核心进行构建（即您可以将-j x标志传递给make）。

作为诊断，您可以尝试在不涉及R的情况下构建软件包。克隆https://github.com/steve-the-bayesian/BOOM并使用bazel（最新版本）或make（不太过时）进行构建。如果此构建成功，则比较传递给R构建与本地构建的标志。

为了更好地了解R失败的原因，请从CRAN下载Boom软件包https://cran.r-project.org/src/contrib/Boom_0.9.1.tar.gz，然后从命令行尝试以下操作 R CMD CHECK Boom_0.9.1.tar.gz

这可能会失败，但它将生成一个名为Boom.Rcheck的目录，其中包含一个名为00install.out的文件，其中包含所有编译器输出。

构建上面失败的可疑原因是poisson_mixture_approximation_table，这是一个可能会溢出您的堆栈的大文件。或者这只是巧合。

- minus one · Answer 3

从源代码安装Boom包（也在Docker构建期间）可能因以下几个原因而失败：

每个核心的内存不足
堆栈大小不足
构建过程超时（可能性较大）

我们目前正在使用以下Docker设置：

核心：4
内存：8GB

我们可以使用以下命令在开始安装之前将堆栈大小设置为16MB：

Docker:

RUN ulimit -s 16384 \
    && R -e 'install.packages("Boom");'

Linux：

ulimit -s 16384 \
    && R -e 'install.packages("Boom");'

注意：堆栈大小是与操作系统相关的配置，可能因使用的主机操作系统而异。

注意：安装boom包的命令可能因您的应用程序而异。例如，我们使用packrat。

类似问题：link

在Ubuntu 18.04上安装R包Boom 0.9失败

make --version