R中的stat_contour多边形填充错误

Question

当我使用stat_contour和多边形一起时，有些区域因为没有数据而不应该被填充，我在图中标记了它们。有人知道如何避免这种情况吗？另外，轴和绘图区域之间有间隙，如何去除它？

下面是绘图代码：

plot_contour <- function (da, native ) {
  h2d<-hist2d(da$germ_div,da[[native]],nbins=40,show=F)
  h2d$counts<-h2d$counts+1
  counts<-log(h2d$counts, base=10)
  rownames(counts)<-h2d$x
  colnames(counts)<-h2d$y
  counts<-melt(counts)
  names(counts)<-c('x','y','z')
  ggplot(counts,aes(x,y))+

  stat_contour(expand=c(0,0),aes(z=z,fill=..level..),geom='polygon')+
  stat_contour( data=counts[counts$x<=75,],aes(z=z,fill=..level..),bins=50,geom='polygon')+
  scale_fill_gradientn(expand=c(0,0),colours=rainbow(1000),
                     limits=c(log(2,base=10),4),na.value='white',guide=F)+
  geom_contour(aes(z=z,colour=..level..),size=1.5)+
  scale_color_gradientn(colours=rainbow(30),limits=c(log(2,base=10),4),na.value='white', 
                            guide=F) + theme_bw()+
  scale_x_continuous(expand=c(0,0),limits=c(0,50))+ 
 scale_y_continuous(expand=c(0,0),limits=c(40,100))+ 
  labs(x=NULL, y=NULL, title=NULL)+ 
       theme(axis.text.x = element_text(family='Times', colour="black", size=20, angle=NULL, 
             hjust=NULL,vjust=NULL,face="plain"),
             axis.text.y = element_text( family='Times', colour="black", size=20,angle=NULL, 
             hjust=NULL,vjust=NULL,face="plain")
          )

       }

da<-read.table('test.txt',header=T)
i<-'test'

plot_contour(da,i)

- user3566784

Answer 1

由于字符数过多，无法放在评论中，所以作为答案发布：

stat_contour无法很好地处理未闭合的多边形。此外，在手动设置分箱时会出现精度问题，即实际等高线计算会受到干扰（当等高线分箱与绘图数据相同时但由于精度问题而不能被识别时，将发生这种情况）。

第一个问题可以通过在每个方向上扩展网格1个单位，并将矩阵中低于您关心的最低值的所有值设置为任意低值来解决。这将强制等高线计算关闭所有原本在图的边缘处开放的多边形。然后可以使用coord_cartesian(xlim=c(...))设置限制，使轴与图形对齐。

第二个问题我不知道有什么好的解决方法，除非修改ggplot代码。您可能不会受到此问题的影响。

- BrodieG

Answer 2

@BrodieG 你的答案是正确的，但是缺少一些代码会让它变得有点困难。

添加以下行，并使用适当的x和y值（这些是最佳猜测），可以使事情更清晰：

   xlim(-10, 60)+
   ylim(30, 120)+
   coord_cartesian(xlim=c(0, 50),ylim=c(40, 100))

- Grubbmeister